Desenvolvimento e validação de uma plataforma de diagnóstico baseada em CRISPR-Cas12 para detecção rápida de genes codificadores de carbapenemase

• Processo: 24/13835-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Ana Cristina Gales
• Beneficiário: André Valêncio Siqueira
• Supervisor: Paulo Jose Martins Bispo
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Harvard University, Boston, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 23/12960-0 - Detecção de Carbapenemases em Isolados Clínicos: Desenvolvimento de Testes de Aglutinação como Alternativa Diagnóstica, BP.DR
• Assunto(s): Carbapenemases Diagnóstico
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: carbapenemase | CRISPR-Cas | Innovative | Kpc-2 | Ndm-1 | Rapid Test | Diagnóstico

Resumo

Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) e New Delhi Metallo-beta-lactamase (NDM) são genes frequentemente identificados em diversas regiões geográficas. A detecção precisa e a diferenciação das carbapenemases KPC e NDM são cruciais para direcionar o tratamento antimicrobiano apropriado. Os ensaios de fluxo lateral, que são rápidos e simples de realizar, oferecem uma solução prática em ambientes clínicos. Atualmente, os testes imunocromatográficos (ensaios de fluxo lateral) dependem de anticorpos monoclonais ou policlonais para a detecção. Embora eficazes, este método aumenta os custos de produção e limita a acessibilidade em países de baixa renda. O sistema de detecção CRISPR-Cas, notável por sua especificidade e alta sensibilidade, pode possibilitar a identificação precisa de genes responsáveis pela produção de carbapenemases. Consequentemente, nosso objetivo é desenvolver, padronizar e validar um teste de fluxo lateral de baixo custo que possa diferenciar os genes blaNDM e blaKPC. Isso envolverá o desenho de sequências específicas de crRNA para esses alvos e o desenvolvimento de primers especializados para a amplificação dos genes por meio da amplificação de polimerase recombinase (RPA). Testaremos uma variedade de isolados produtores de carbapenemase para determinar a sensibilidade, especificidade e tempo de resposta do teste. Ao aproveitar os resultados desses estudos, pretendemos padronizar um ensaio rápido e inovador para a detecção e diferenciação de carbapenemases, focando nas carbapenemases de importância clínica no Brasil e no mundo. Assim, esses ensaios poderiam ser posteriormente empregados para o desenvolvimento de um kit de diagnóstico a ser usado em locais com poucos recursos.