Análise de dados de transcriptoma de gametas, embriões e tecidos reprodutivos bovinos

• Processo: 25/01050-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Reprodução Animal
• Pesquisador responsável: Lawrence Charles Smith
• Beneficiário: Anna Carolina Fernandes
• Instituição Sede: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA). Universidade de São Paulo (USP). Pirassununga , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/09886-8 - Maturação epigenética do oócito e totipotência: o potencial do oócito e sua relação com o nicho folicular ovariano, AP.SPEC
• Assunto(s): Embriologia Epigenômica Oogênese
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: embriologia | epigenética | Oogênese | totipotência | trascriptoma | Competência oocitária

Resumo

A produção in vitro de embriões bovinos utilizando oócitos obtidos por aspiração de folículos antrais tem papel de destaque na indústria e na pecuária nacional. Esta tecnologia proporciona oócitos parcialmente viáveis que, após cultivo em laboratório para finalizar sua maturação nuclear e citoplasmática, podem ser utilizados para derivar embriões e progênie viável. Também, a capacidade de reprogramar células diferenciadas de modo a torná-las totipotentes é uma conquista científica recente. Porém, o conhecimento dos fatores biológicos envolvidos na remodelagem nuclear e citoplasmática do oócito durante a oogênese é limitado. Sendo assim, nossa meta principal é de contribuir com o conhecimento dos mecanismos epigenéticos coordenados pelos diversos componentes do nicho folicular necessários à plena aquisição do potencial de desenvolvimento e de reprogramação oocitária à totipotência. Assim, os objetivos desse estudo são: (a) unificar os dados de sequenciamento gerados pela presente proposta com os dados públicos para se fazer uma análise sistêmica do transcriptoma do folículo ovariano bovino (células do cúmulus, células da granulosa, oócitos e vesículas do fluído folicular) durante a maturação e ganho de competência; (b) identificar em cada experimento apresentado na proposta inicial os genes diferencialmente expressos, genes endógenos mais estáveis, genes co-expressos e os genes chaves de cada tratamento; (c) caracterização das vias gênicas, interação entre mRNAs e lncRNAs e predição dos alvos dos lncRNAs associados a totipotência oocitária identificados por sequenciamento de RNA dos diferentes experimentos apresentados na proposta principal; (d) integrar as múltiplas camadas de dados transcriptômicos gerando redes de interação de forma a identificar potenciais vias moleculares ligadas a aquisição de totipotência e (e) implementar e testar diferentes metodologias de bioinformática para as análises dos dados genômicos.