Análise comparativa da composição molecular das regiões organizadoras de nucléolo no complexo de espécies Physalaemus cuvieri - Physalaemus ephippifer

• Processo: 25/07768-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Luciana Bolsoni Lourenço
• Beneficiário: Helena Mattiazzo Milanez
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 24/00073-2 - Variações cromossômicas em dois complexos de espécies de anuros: simples polimorfismos ou elementos com papel importante no processo de especiação?, AP.R
• Assunto(s): Cromossomos DNA satélite Citogenética
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: cromossomo | DNA satélite | Citogenética

Resumo

O complexo de espécies P. cuvieri - P. ephippifer abriga expressiva variação cariotípica, sendo as alterações relacionadas a regiões organizadoras de nucléolo (NORs) as mais evidentes. Além disso, os cromossomos sexuais heteromórficos de P. ephippifer e seus homólogos em L1 já foram reconhecidos e são portadores de NOR. A análise de sequências repetitivas do genoma de P. ephippifer mostrou associação da NOR com DNAs satélites (DNAs sats), o que foi comprovado por mapeamento por FISH. No entanto, ainda não se sabe se as NORs das outras linhagens têm a mesma composição molecular, nem se a associação do DNA ribossomal (DNAr) nucleolar com outros elementos repetitivos poderia estar relacionada com a dinâmica evolutiva dessas regiões no grupo em estudo. Na presente proposta, investigaremos a presença de elementos repetitivos associados aos genes ribossomais nas NORs de linhagens do complexo P. cuvieri - P. ephippifer. Especial atenção será dada às linhagens L1 - em que as NORs estão localizadas nos cromossomos 8 e 9 e, no último, são coincidentes com bandas de heterocromatina; e L3, em que notório polimorfismo de NORs está presente, com ao menos cinco dos 11 pares cromossômicos figurando como portadores de NOR. A partir de bibliotecas de leituras curtas obtidas por sequenciamento Illumina, a fração repetitiva dos genomas de interesse será analisada com o auxílio de RepeatExplorer, RepeatModeler, RepeatMasker, Dfam e tRNAscan-SE. Clusters de DNAr 40S serão montados de novo com NOVOPlasty, usando como semente uma sequência parcial do gene para RNAr 18S (ou 28S). Todas as sequências repetitivas agrupadas em superclusters com DNAr 40S serão mapeadas por FISH em cromossomos metafásicos e em fibras cromatínicas (Fiber-FISH). Além disso, serão conduzidas a análise de marcas epigenéticas (como 5mC, H3K27me3 e H3K9me3) e a impregnação por prata (método Ag-NOR), a fim de verificar possíveis implicações da associação a elementos repetitivos na atividade das NORs. Os resultados obtidos serão comparados entre as distintas linhagens.