Desenvolvimento de ferramentas de bioinformatica par auxiliar na identificacao de genes candidatos mapeados em intervalos do genoma do rato.

• Processo: 02/14125-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2003
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2003
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Paulo Sergio Lopes de Oliveira
• Beneficiário: Victor Senos Dobroff
• Instituição Sede: Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP (HCFMUSP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 01/00009-0 - Estudo integrado da hipertensão arterial: caracterização molecular e funcional do sistema cardiovascular, AP.TEM
• Assunto(s): Genomas Biologia computacional Transcriptoma Hipertensão
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Genoma | Hipertensao | Mapeamento De Genes | Transcriptoma

Resumo

Estudos genéticos tais como o da hipertensão em populações humanas, continuam desafiantes pela multiplicidade de genes envolvidos nesses fenótipos complexos e pela natureza sutil dos efeitos de certos genes, e a inevitável heterogeneidade das populações de pacientes. Em nosso laboratório está sendo desenvolvido um trabalho com a 13ª geração de ratos congênicos obtidos do cruzamento de duas linhagens de ratos, Brown Norway (BN, animal normotenso) e Spontaleously Hipertensive Rat (SHR, animal espontaneamente hipertenso) para realizar uma abordagem de total genome scan utilizando um painel de aproximadamente 300 marcadores moleculares informativos distribuídos ao longo dos 21 cromossomos do rato. Foram identificadas 5 regiões cromossômicas que explicam cerca de 40% da variabilidade da pressão arterial destes animais sugerindo a presença de genes causadores da hipertensão arterial. Neste trabalho, nós pretendemos recuperar as seqüências de DNA genômico de três regiões do cromossomo 2, uma do cromossomo 4, uma do 8 e uma do 16, realizando o mapeamento da porção do transcriptoma de rato codificado nas mesmas, avaliando composição, diversidade e expressão por tecido utilizando-se de ferramentas computacionais. Estes dados serão fundamentais para complementar as outras estratégias em curso, utilizando expression array e SAGE, e assessorar a buscas de genes candidatos existentes nestas regiões que terão de ser identificados e caracterizados. (AU)