Desenvolvimento de um sistema em larga escala para o estudo computacional de formas de splicing alternativo diferencialmente expressos em tumores e sua validacao experimental.

• Processo: 03/01070-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2003
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2005
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Sandro José de Souza
• Beneficiário: Natanja Sara Kirschbaum Slager
• Instituição Sede: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer (ILPC). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Processamento alternativo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Splicing Alternativo

Resumo

O splicing alternativo pode estar envolvido no desenvolvimento de várias doenças e têm sido mostrado que certos genes estão alternativamente processados apenas em tecidos tumorais. Em nosso laboratório, foi construído um banco de dados relacionai contendo todos os genes que possivelmente possuem splicing alternativo. A validação destes genes candidatos só pode ser feita experimentalmente. A falta de um elo entre o laboratório computacional e o experimental toma esta validação experimental freqüentemente difícil de ser realizada. O objetivo deste projeto é criar este elo. Isto será feito através da construção de um 'pipeline' que envolverá a produção de um sistema de priorização que fará a graduação das variantes de splicing específicas de tumores de acordo com várias características. No final, o 'feedback' entre os dados computacionais e os experimentais deverá construir um sistema que tanto permita a validação experimental em larga escala dos candidatos selecionados quanto facilite a escolha de isoformas protéicas apropriadas para um determinado tipo de experimento funcional. ' (AU)