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Laboratório associado de bioinformática no Programa Humano do Câncer

Processo: 00/08727-7
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
Vigência: 01 de agosto de 2000 - 31 de julho de 2002
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biologia Geral
Convênio/Acordo: Instituto Ludwig
Pesquisador responsável:Paulo Sergio Lopes de Oliveira
Beneficiário:Paulo Sergio Lopes de Oliveira
Instituição-sede: Faculdade de Ciência da Computação. Universidade de Santo Amaro (UNISA). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional  Laboratórios  Genoma Humano do Câncer 

Resumo

Na primeira parte, foi descrito o desenvolvimento de uma metodologia para análise em larga escala de splicing alternativo no transcriptoma humano. Neste trabalho, é mostrado um meio de se descrever formas de splicing alternativo de transcritos de um dado gene utilizando uma matriz de dígitos binários e utilizamos os dados obtidos para calcular estatísticas do processo de splicing alternativo no transcriptoma humano, além de abordar a importância do processo em transcriptomas de células tumorais. Na última parte, foi descrito resultados preliminares da utilização de técnicas de modelagem molecular de proteínas por homologia e dinâmica molecular na predição do caráter deletério de mutações na proteína VHL (pVHL) implicada na síndrome de Von Hippel-Lindau, uma doença capaz de causar tumores benignos e malignos, como angioma, feocromocitona e carcinoma real. A pVHL participa de sistemas bioquímicos complexos, que podem ser segregados pela análise estrutural da proteína. O mapeamento entre domínios da proteína onde as mutações ocorrem com as possíveis funções metabólicas afetadas (algumas bem relacionadas a fenótipos tumorais) podem dar pistas para a predição do efeito de novas mutações. Este projeto vem sendo realizado em colaboração com o Dr. José Cláudio Casale Rocha (Hospital do Câncer) e Dra. Anamaria Camargo (Laboratório de Genética do Câncer, Instituto Ludwig de Pesquisas sobre o Câncer). (AU)

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