Caracterização da diversidade de famílias de elementos transponíveis expressos em cana-de-açúcar (Saccharum spp)

• Processo: 01/11431-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2002
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2004
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Érika Maria de Jesus
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Elementos de DNA transponíveis Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Analises Moleculares | Elementos Transponiveis | Familias

Resumo

O projeto genoma da cana-de-açúcar da FAPESP, o SUCEST, sequenciou 260.781 ESTs, que estão depositadas em seu banco de dados. Análises de BLAST entre as ESTs do SUCEST e o GenBank revelaram 279 clones que apresentaram homologia com elementos de transposição já descritos na literatura e depositados no GenBank. O presente projeto dará continuidade à análise funcional das sequências geradas pelo SUCEST, através do estudo destes clones que apresentaram homologia com elementos de transposição. Buscas em bancos de dados serão realizadas com o intuito de identificar os domínios característicos de elementos de transposição dentro destas sequências. Estas serão então fechadas através de sequenciamento total (da extremidade 5' a 3') e checadas, através de comparação com bancos de dados, análises de Southern Blot, Northern Blot e RT-PCR. O alinhamento destas sequências e a geração de filogenias tem como objetivo estimar o número de famílias de elementos transponíveis presentes no genoma da cana-de-açúcar, bem como identificar famílias de elementos originais da cana. (AU)