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Caracterização funcional de RNAs não-codificantes associados a transposons IS1341 em Halobacterium salinarum

Processo: 13/21522-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2014
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:José Vicente Gomes Filho
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):RNA longo não codificante   Elementos de DNA transponíveis   Sequências repetitivas dispersas   Halobacterium salinarum

Resumo

Os elementos genéticos móveis (Mobile Genetic Elements MGEs), são elementos extremamente importantes para plasticidade e evolução dos genomas. Seus impactos são diversos, podendo conferir resistência microbiana a antibióticos como estarem relacionados a doenças em humanos. Uma das classes mais importantes de MGEs são as sequências de inserção (insertion sequences - IS). Estes elementos são encontrados em bactérias e archaea e apresentam grande diversidade de famílias e mecanismos de movimentação. Uma família interessante de IS é a IS200/605, esta família encontra-se distribuída em bactérias, archaea e vírus e é dividida em 3 subgrupos: IS200, IS605 e IS1341. Outro aspecto interessante é a utilização de substratos de DNA de fita simples para seu processo de transposição. Em estudo recente de Gomes-Filho et al., 2015, foi demonstrada a presença de RNAs sobrepostos ao 3' de genes IS1341 em archaea e bactérias, os sense overlapping transcripts (sotRNAs). Estes RNAs apresentam um motivo chamado de UUCA tetraloop, que também foi encontrado em um ncRNA intergênico. A superexpressão de RNAs contendo este motivo, resultou em melhor crescimento de H. salinarum NRC-1. Deste modo, para dar continuidade aos trabalhos iniciados em Gomes-Filho et al, 2015, realizaremos experimentos focados na caracterização fenotípica das linhagens de superexpressão, como curvas de crescimento, ensaios de sobrevivência e adesão. A partir dos resultados encontrados, direcionaremos técnicas moleculares, como RNAseq, para elucidar potenciais alvos de regulação destes RNAs, podendo assim adicioná-los às redes de regulação gênica já construídas para H. salinarum NRC-1. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PEREIRA DE ALMEIDA, JOAO PAULO; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN P. R.; TEN-CATEN, FELIPE; GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; KOIDE, TIE. The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. GENES, v. 10, n. 4 APR 2019. Citações Web of Science: 0.
GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; ZARAMELA, LIVIA SOARES; DA SILVA ITALIANI, VALERIA CRISTINA; BALIGA, NITIN S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; KOIDE, TIE. Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA BIOLOGY, v. 12, n. 5, p. 490-500, MAY 4 2015. Citações Web of Science: 7.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
FILHO, José Vicente Gomes. RNAs não-codificantes associados a IS200/605: identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salinarum NRC-1. 2017. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto Ribeirão Preto.

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