Caracterização funcional de RNAs não-codificantes associados a transposons IS1341 em Halobacterium salinarum

• Processo: 13/21522-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: José Vicente Gomes Filho
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): RNA longo não codificante Elementos de DNA transponíveis Sequências repetitivas dispersas Halobacterium salinarum
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: elementos genéticos móveis | extremófilos | rnas não-codificantes | sequências de inserção | transposons | Estrutura de RNAs

Resumo

Os elementos genéticos móveis (Mobile Genetic Elements MGEs), são elementos extremamente importantes para plasticidade e evolução dos genomas. Seus impactos são diversos, podendo conferir resistência microbiana a antibióticos como estarem relacionados a doenças em humanos. Uma das classes mais importantes de MGEs são as sequências de inserção (insertion sequences - IS). Estes elementos são encontrados em bactérias e archaea e apresentam grande diversidade de famílias e mecanismos de movimentação. Uma família interessante de IS é a IS200/605, esta família encontra-se distribuída em bactérias, archaea e vírus e é dividida em 3 subgrupos: IS200, IS605 e IS1341. Outro aspecto interessante é a utilização de substratos de DNA de fita simples para seu processo de transposição. Em estudo recente de Gomes-Filho et al., 2015, foi demonstrada a presença de RNAs sobrepostos ao 3' de genes IS1341 em archaea e bactérias, os sense overlapping transcripts (sotRNAs). Estes RNAs apresentam um motivo chamado de UUCA tetraloop, que também foi encontrado em um ncRNA intergênico. A superexpressão de RNAs contendo este motivo, resultou em melhor crescimento de H. salinarum NRC-1. Deste modo, para dar continuidade aos trabalhos iniciados em Gomes-Filho et al, 2015, realizaremos experimentos focados na caracterização fenotípica das linhagens de superexpressão, como curvas de crescimento, ensaios de sobrevivência e adesão. A partir dos resultados encontrados, direcionaremos técnicas moleculares, como RNAseq, para elucidar potenciais alvos de regulação destes RNAs, podendo assim adicioná-los às redes de regulação gênica já construídas para H. salinarum NRC-1. (AU)

Publicações científicas

(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)

LORENZETTI, ALAN P. R.; KUSEBAUCH, ULRIKE; ZARAMELA, LIVIA S.; WU, WEI-JU; DE ALMEIDA, JOAO P. P.; TURKARSLAN, SERDAR; L. G. DE LOMANA, ADRIAN; GOMES-FILHO, JOSE V.; VENCIO, RICARDO Z. N.; MORITZ, ROBERT L.; et al. A Genome-Scale Atlas Reveals Complex Interplay of Transcription and Translation in an Archaeon. MSYSTEMS, v. 8, n. 2, p. 22-pg., 2023-03-13. (17/03052-2, 15/21038-1, 11/07487-7, 19/13440-5, 13/21522-5, 09/09532-0)

PEREIRA DE ALMEIDA, JOAO PAULO; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN P. R.; TEN-CATEN, FELIPE; GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; KOIDE, TIE. The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. GENES, v. 10, n. 4, APR 2019. (15/12012-9, 15/21038-1, 13/21522-5, 17/03052-2, 11/14455-4)

GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; ZARAMELA, LIVIA SOARES; DA SILVA ITALIANI, VALERIA CRISTINA; BALIGA, NITIN S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; KOIDE, TIE. Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA BIOLOGY, v. 12, n. 5, p. 490-500, MAY 4 2015. (13/21522-5, 10/10195-5, 11/07487-7, 09/09532-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

GOMES FILHO, José Vicente. RNAs não-codificantes associados a IS200/605: identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salinarum NRC-1. 2017. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.