RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal

Resumo

Novas tecnologias de sequencimento em larga escala estão revolucionando as pesquisas no campo da transcritômica, fornecendo dados para uma compreensão mais abrangente da Biologia dos organismos ao nível molecular. A possibilidade de sequenciar os transcritos totais de um ser vivo e analisar como eles se manifestam em diferentes condições é um passo fundamental para a elaboração de modelos preditivos do funcionamento celular. Contudo, como a metodologia aplicando sequenciamento em larga escala para o estudo do transcritoma (RNA-seq) é extremamente recente, ela ainda impõe muitos desafios, sobretudo na análise e compreensão dos resultados obtidos. Neste projeto são propostas abordagens que visam o tratamento do sinal gerado através de RNA-seq, com o objetivo de minimizar os efeitos dos ruídos inerentes à técnica e busca por informações adicionais que vão além do mero nível de expressão. Um destes desafios é o que se chama, na área de processamento de sinais, de segmentação. Assim, poderemos delimitar corretamente as porções correspondentes aos transcritos e definir estruturas que podem apresentar papeis biológicos importantes, como novos RNA não-codificantes e regiões regulatórias presentes em RNAs. O desenvolvimento de um modelo para descrever os sinais delimitados de interesse deve auxiliar o mapeamento de novos elementos, contribuindo na compreensão de suas funções na dinâmica e regulação da expressão gênica. (AU)