Abordagens para construção de mapas físico e transcricional e sequenciamento genômico de Leishmania major

• Processo: 98/09645-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 1998
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2001
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Angela Kaysel Cruz
• Beneficiário: Jeronimo Conceição Ruiz
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Leishmania major Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ests | Leishmania Major | Mapa Fisico | Sequenciamento Genomico | Transportes

Resumo

A proposta deste projeto (como extensão dos trabalhos desenvolvidos no Processo MS FAPESP 96/08761-3) inclui o estudo de abordagens de mapeamento físico, e de seqüenciamento genômico de L. major. Para tanto, a etapa inicial desenvolvida incluiu a localização de 358 EST("Expressed Sequence Tags") em clones genômicos e em cromossomos do parasita bem como o desenvolvimento de metodologias computacionais para análise, formatação, exportação dos dados e geração contigs. Na etapa a ser ainda desenvolvida finalizaremos o processo de análise dos dados coletados, utilizando outro programa analisador de contigs, assim como o seqüenciamento de um cosmídeo por duas estratégias de seqüenciamento: a) através de "shearing" do DNA clonado e b) através da inserção de transposições no mesmo DNA. Serão estabelecidas estratégias de bioinformática necessárias ao alinhamento, anotação e finalização das seqüências geradas, úteis para inferir sobre a adequabilidade de cada estratégia. (AU)