Problemas de comparação de genomas

Autor(es)

Ulisses Martins Dias

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Computação
• Data de defesa: 2012-08-02

Membros da banca

Zanoni Dias; João Carlos Setubal; Nalvo Franco de Almeida Júnior; João Meidanis; Guilherme Pimentel Telles

• Orientador: Zanoni Dias

Resumo

Esta tese aborda três aspectos da comparação entre genomas: primeiro, eventos de transposição; segundo, eventos de reversão e de reversão quase-simétrica; terceiro, estudo da distância entre genomas sem ligação com algum tipo específico de rearranjo. O estudo do primeiro aspecto, eventos de transposição, permitiu a criação de um novo algoritmo de aproximação na razão 1.375 e de modelos exatos usando programação em lógica com restrições para o problema da distância de transposição. Ambas as abordagens foram comparadas com outras semelhantes encontradas na literatura e, em ambos os casos, foi mostrado que o produto aqui apresentado é superior 'aqueles previamente conhecidos. Sob o segundo aspecto, eventos de reversões e de reversões quase-simétricas, houve avanços relacionados ao entendimento do processo de diferenciação das espécies na família Pseudomonadaceae e nos gêneros Mycobacterium, Shewanella e Xanthomonas com a criação de uma ferramenta de simulação capaz de gerar um histórico evolutivo com características semelhantes 'as observadas nos referidos grupos. Além disso, foram obtidos avanços em abordagens algorítmicas para o problema de construção de scaffolds usando um genoma de referência. De modo particular, foi obtida uma ferramenta superior 'as demais existentes na literatura para construção de scaffolds de genomas bacteriais. Ainda neste segundo aspecto, tratou-se do problema da distância de reversões quase-simétricas com a geração de um algoritmo guloso que fornece uma sequência de reversões quase-simétricas para ordenar qualquer permutação, além de algoritmos exatos para várias famílias específicas de permutações. No que diz respeito ao terceiro aspecto, foram desenvolvidas duas medidas que podem ser calculadas de forma eficiente (poucos segundos). Uma das medidas é adequada para genomas próximos e a outra é adequada para genomas distantes. Ambas foram avaliadas com genomas bacteriais reais, o que mostrou as vantagens e limitações de cada medida. Com esta tese, espera-se ter contribuído para a área de comparação de genomas em geral e, em particular, para a área de rearranjo de genomas (AU)

• Processo FAPESP: 07/05574-4 - Heuristicas para problemas de rearranjo de genomas.
• Beneficiário: Ulisses Martins Dias
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado