Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas.

Autor(es)

Nestor Walter Trepode

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI)
• Data de defesa: 2007-06-27

Membros da banca

Junior Barrera; Helena Paula Brentani; Marcelo Ribeiro da Silva Briones; Roberto Marcondes Cesar Junior; Carla Columbano de Oliveira

• Orientador: Junior Barrera; Hugo Aguirre Armelin

Resumo

O ciclo de divisão celular compreende uma seqüência de fenômenos controlados por una complexa rede de regulação gênica muito estável e robusta. Aplicamos as Redes Genéticas Probabilísticas (PGNs) para construir um modelo cuja dinâmica e robustez se assemelham às observadas no ciclo celular biológico. A estrutura de nosso modelo PGN foi inspirada em fatos biológicos bem estabelecidos tais como a existência de subsistemas integradores, realimentação negativa e positiva e caminhos de sinalização redundantes. Nosso modelo representa as interações entre genes como processos estocásticos e apresenta uma forte robustez na presença de ruido e variações moderadas dos parâmetros. Um modelo determinístico recentemente publicado do ciclo celular da levedura não resiste a condições de ruido que nosso modelo suporta bem. A adição de mecanismos de auto excitação, permite a nosso modelo apresentar uma atividade oscilatória similar à observada no ciclo celular embrionário. Nossa abordagem de modelar e simular o comportamento observado usando mecanismos de controle biológico conhecidos fornece hipóteses plausíveis de como a regulação subjacente pode ser realizada na célula. A pesquisa atualmente em curso procura identificar tais mecanismos de regulação no ciclo celular da levedura, usando dados de expressão gênica provenientes de medições seqüenciais de microarray. (AU)

• Processo FAPESP: 01/14115-7 - Identificação de sistemas dinâmicos de reticulados
• Beneficiário: Nestor Walter Trepode
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado