Dinâmica de Biomoléculas em Água: Simulações com Representação Explícita do Solvente

Autor(es)

Marta Maria Cassiano

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física (IF/SBI)
• Data de defesa: 1998-04-29

Membros da banca

Paulo Mascarello Bisch; Jose Alfredo Gomes Areas; Luiz Carlos Gomide Freitas; Isabelle Ortmans; José Roberto Ruggiero

• Orientador: Paulo Mascarello Bisch; Amando Siuiti Ito

Resumo

O programa THOR de dinâmica e mecânica molecular foi aprimorado com a introdução de técnicas que permitem a modelagem de sistemas biomoleculares na presença do solvente representado explicitamente. Essas técnicas incluem o emprego de condições de contorno periódicas, raio de corte, potencial eletrostático modificado e método shake para vínculos de distância. Além disso, a técnica da lista de vizinhos foi implementada devido ao grande aumento no número de átomos do sistema, pela inclusão explícita do solvente. Alguns sistemas foram modelados e a influência do solvente sobre suas propriedades conformacionais foi analisada, respondendo às expectativas baseadas em previsões teóricas e evidências experimentais. (AU)

• Processo FAPESP: 97/05988-0 - Estudo de sistemas macromoleculares por meio de metodos computacionais.
• Beneficiário: Marta Maria Cassiano
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado