Novos métodos para análise de curvas de espalhamento a baixo ângulo aplicados a um inibidor de α-amilase, à hexocinase e à aspartato transcarbamilase

Autor(es)

Claudio Barberato

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: São Carlos.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física de São Carlos (IFSC/BT)
• Data de defesa: 1996-08-01

Membros da banca

Yvonne Primerano Mascarenhas; Lia Queiroz do Amaral; Eduardo Ernesto Castellano; Iris C Linares de Torriani; Edgar Dutra Zanotto

• Orientador: Yvonne Primerano Mascarenhas

Resumo

Este trabalho teve por finalidade a implementação e desenvolvimento de novos métodos para a análise de curvas de espalhamento de raios X a baixo ângulo por sistemas monodispersos. O resultado básico final deste trabalho foi a confecção de três programas de computador e suas aplicações em proteínas de interesse biológico. ELLFIT é um programa de computador que encontra o elipsóide cuja curva de SAXS melhor se ajusta a uma dada curva experimental. Para casos favoráveis este programa é capaz de determinar a dimensão máxima e algumas características básicas do formato da partícula. CRYSOL é um programa para a avaliação de curvas de espalhamento em solução para proteínas com estrutura atômica conhecida. O programa usa a expansão de multipolos para o cálculo rápido da promediação espacial e simula uma camada de hidratação ao redor da proteína. CRYSOL pode predizer a curva de SAXS de uma determinada proteína e compará-la com dados experimentais. HOMDIM é um programa para a determinação da posição das sub-unidades de um homodímero no caso de ser conhecida somente a estrutura da sub-unidade sozinha. Dada a curva experimental e a amplitude da sub-unidade, HOMDIM procura os parâmetros posicionais que descrevem o homodímero. Estes e outros programas foram aplicados a várias proteínas. O método da expansão de multipolos foi usado na determinação do envelope molecular de uma inibidora de ALPHA-amilase. O programa CRYSOL foi utilizado para resolver uma ambiguidade na estrutura quatemária cristalina da hexocinase e o programa HOMDIM para a proposição de um novo modelo para a estrutura quatemária da aspartato transcarbamilase no estado R em solução (AU)

• Processo FAPESP: 92/03492-3 - Análise de variações conformacionais de uma nova lectina de Arthocarpus integrifolia (jaca) em solução por SAXS
• Beneficiário: Claudio Barberato
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado