CV Lattes
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Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP) (Instituição-sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Fernando Luís Barroso da Silva concluiu seu Ph.D. em Theoretical Chemistry/Physical Chemistry, pela Lunds Universitet (Suécia) em 2000. Atualmente, é Professor Associado da Universidade de São Paulo (USP) e orientador do programa de Pós-graduação interunidades em Bioinformática da USP. Foi professor visitante da Lunds Universitet/Suécia (2013/2014), University College Dublin/Irlanda (2016) Universidade Sorbonne Paris Cité/França (2015/16, 2017/18 e 2018/19) e outras. Publicou 40 artigos em periódicos especializados, centenas de trabalhos em anais de eventos e ministrou várias palestras no Brasil e no exterior. Possui 1 livro publicado e 2 capítulos de livro. Organizou eventos científicos no Brasil, na Irlanda e na Suécia. Foi relator de várias dezenas de publicações/projetos de pesquisa. Orientou 5 dissertações de mestrado, 1 tese de doutoramento, 1 pós-doc, 11 trabalhos de iniciação científica e 1 de pré-iniciação científica, dentre outras co-orientações, nas áreas de Físico-química, Biofísica Molecular e Bioinformática. Orienta hoje 1 aluno de doutorado, 1 de mestrado e 1 de iniciação científica. Desde 2000, participou de 15 projetos de pesquisa, sendo coordenador de 8 destes. Atualmente coordena de 3 projetos de pesquisa. Atua nas áreas de Biofísica Molecular, Biofísico-química e Bioinformática Estrutural, com ênfase no entendimento de mecanismos moleculares através de técnicas de simulação computacional. Em suas atividades profissionais interagiu com centenas de colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. Em seu currículo Lattes, os termos mais freqüentes na contextualização de sua produção são: interações eletrostáticas em e entre proteínas, Monte Carlo, Energia Livre, simulação computacional, Poisson-Boltzmann, forças fundamentais Biofísica, pH, Tanford-Kirkwood. Gerado pelo Sistema Interlattes CV-Resumé (Fonte: Currículo Lattes)
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a) |
| Un nuevo abordaje muestra eficacia en el tratamiento de las fístulas digestivas |
| Nova abordagem mostra-se eficaz no tratamento de fístulas digestivas |
As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais in...
Estudos in silico se tomaram uma ferramenta de destaque nas áreas de Ciências Farmacêuticas, Bioquímica, Biofísica e Biologia Molecular. A necessidade do entendimento quantitativo de fenômenos macroscópicos exige estudos mais detalhados, geralmente ao nível molecular, os quais são possíveis de serem realizados com o emprego de simulações computacionais. Nossa proposta é estudar o efeit...
Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Cario, para complexos moleculares. Complexos anteriormente estudados (trombina-hirudina e tripsina-bpti) serão revistos, incorporando-se agora efeitos de flexibilidade molecular, visand...
A formação de complexos moleculares é um tópico central no estudo de inúmeros processos biológicos. Modelos baseados em interações eletrostáticas vem se mostrando bastante satisfatórios na descrição desses processos, incluindo boa concordância com resultados experimentais. Esses modelos podem ser resolvidos através da equação de Poisson- Boltzmann (PB), utilizando uma aproximação de ca...
| 6 | Auxílios à pesquisa concluídos |
| 6 | Bolsas no país concluídas |
| 12 | Todos os Auxílios e Bolsas |
| Processos vinculados | |
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
| Publicações | 14 |
| Citações | 69 |
| Cit./Artigo | 4,9 |
| Dados do Web of Science | |
PASQUALI, S.; FREZZA, E.; BARROSO DA SILVA, F. L.. Coarse-grained dynamic RNA titration simulations. INTERFACE FOCUS, v. 9, n. 3, JUN 6 2019. Citações Web of Science: 1. (15/16116-3)
BARROSO DA SILVA, FERNANDO LUIS; MACKERNAN, DONAL. Benchmarking a Fast Proton Titration Scheme in Implicit Solvent for Biomolecular Simulations. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 13, n. 6, p. 2915-2929, JUN 2017. Citações Web of Science: 5. (15/16116-3)
BARROSO DA SILVA, FERNANDO LUIS; DERREUMAUX, PHILIPPE; PASQUALI, SAMUELA. Fast coarse-grained model for RNA titration. Journal of Chemical Physics, v. 146, n. 3, JAN 21 2017. Citações Web of Science: 6. (10/50425-0, 15/16116-3)
POVEDA-CUEVAS, SERGIO A.; ETCHEBEST, CATHERINE; BARROSO DA SILVA, FERNANDO L.. Identification of Electrostatic Epitopes in Flavivirus by Computer Simulations: The PROCEEDpKa Method. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 944-963, FEB 2020. Citações Web of Science: 1. (15/16116-3, 19/06139-7)
POVEDA-CUEVAS, SERGIO A.; ETCHEBEST, CATHERINE; BARROSO DA SILVA, FERNANDO L.. Insights into the ZIKV NS1 Virology from Different Strains through a Fine Analysis of Physicochemical Properties. ACS OMEGA, v. 3, n. 11, p. 16212-16229, NOV 2018. Citações Web of Science: 0. (15/16116-3)
BARROSO DA SILVA, FERNANDO LUIS; STERPONE, FABIO; DERREUMAUX, PHILIPPE. OPEP6: A New Constant-pH Molecular Dynamics Simulation Scheme with OPEP Coarse-Grained Force Field. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, v. 15, n. 6, p. 3875-3888, JUN 2019. Citações Web of Science: 2. (15/16116-3)
BARROSO DA SILVA, FERNANDO LUIS; DERREUMAUX, PHILIPPE; PASQUALI, SAMUELA. Protein-RNA complexation driven by the charge regulation mechanism. Biochemical and Biophysical Research Communications, v. 498, n. 2, SI, p. 264-273, MAR 29 2018. Citações Web of Science: 7. (15/16116-3)
DELBONI, LARIANI APARECIDA; BARROSO DA SILVA, FERNANDO LUIS. On the complexation of whey proteins. FOOD HYDROCOLLOIDS, v. 55, p. 89-99, APR 2016. Citações Web of Science: 11. (10/50425-0)
BARROSO DA SILVA, FERNANDO LUIS; BOSTROM, MATHIAS; PERSSON, CLAS. Effect of Charge Regulation and Ion-Dipole Interactions on the Selectivity of Protein-Nanoparticle Binding. Langmuir, v. 30, n. 14, p. 4078-4083, APR 15 2014. Citações Web of Science: 20. (10/50425-0)
MENDONCA, DEBORAH C.; MACEDO, JOCI N.; GUIMARAES, SAMUEL L.; BARROSO DA SILVA, FERNANDO L.; CASSAGO, ALEXANDRE; GARRATT, RICHARD C.; PORTUGAL, RODRIGO V.; ARAUJO, ANA P. U.. A revised order of subunits in mammalian septin complexes. CYTOSKELETON, v. 76, n. 9-10, p. 457-466, SEP 2019. Citações Web of Science: 0. (15/16116-3, 14/15546-1, 17/15340-2)
BARROSO DA SILVA, FERNANDO LUIS; PASQUALI, SAMUELA; DERREUMAUX, PHILIPPE; DIAS, LUIS GUSTAVO. Electrostatics analysis of the mutational and pH effects of the N-terminal domain self-association of the major ampullate spidroin. SOFT MATTER, v. 12, n. 25, p. 5600-5612, 2016. Citações Web of Science: 10. (13/08166-5, 10/50425-0)
MONTELLANO DURAN, NATALIA; SPELZINI, DARIO; WAYLLACE, NATAEL; BOERIS, VALERIA; BARROSO DA SILVA, FERNANDO L.. A combined experimental and molecular simulation study of factors influencing interaction of quinoa proteins-carrageenan. International Journal of Biological Macromolecules, v. 107, n. A, p. 949-956, FEB 2018. Citações Web of Science: 5. (15/16116-3)
FRIGORI, RAFAEL B.; BARROSO DA SILVA, FERNANDO L.; CARVALHO, PATRICIA P. D.; ALVES, NELSON A.. Occurrence of Biased Conformations as Precursors of Assembly States in Fibril Elongation of Amyloid-beta Fibril Variants: An In Silico Study. Journal of Physical Chemistry B, v. 124, n. 14, p. 2798-2805, APR 9 2020. Citações Web of Science: 0. (15/16116-3, 16/04176-4)
GIRON, CAROLINA CORREA; LAAKSONEN, AATTO; BARROSO DA SILVA, FERNANDO L.. On the interactions of the receptor-binding domain of SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 spike proteins with monoclonal antibodies and the receptor ACE2. VIRUS RESEARCH, v. 285, AUG 2020. Citações Web of Science: 1. (15/16116-3)
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
CARVALHO, Sidney Jurado de. Estudo metodológico dos aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula. 97 f. Dissertação (Mestrado) - Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas. Universidade Estadual Paulista. São José do Rio Preto. (01/12566-1)
CARVALHO, Sidney Jurado de. Estudo dos aspectos eletrostáticos da interação entre polieletrólitos e macroíons. 116 f. Tese (Doutorado) - Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas. Universidade Estadual Paulista. São José do Rio Preto. (04/01268-8)