Identificação de Elementos Transponíveis usando Modelos Ocultos de Markov

Resumo

O Grupo de Bioinformática de Rio Claro desenvolveu um ambiente computacional, denominado SATEComp, voltado para auxiliar processos de análise de Elementos Transponíveis (TEs) identificados em bancos de dados genômicos. Este ambiente oferece vários recursos que visam facilitar e agilizar este tipo de processo de análise, inclusive possibilitando a comparação de organismos que tiveram seus genomas anotados quanto a TEs. A versão atual do SATEComp identifica TEs através do processo de homologia, utilizando para isso as ferramentas BLAST e RepeatMasker. Neste projeto de iniciação científica, o SATEComp será expandido. Este processo de expansão acontecerá a partir da consideração nas análises dos resultados gerados pela ferramenta HMMER, que utiliza Modelos Ocultos de Markov para a identificação de padrões e regiões conservadas em sequências genômicas. Para isso, serão desenvolvidas pelo bolsista as ferramentas computacionais necessárias para a extração dos dados de interesse dos resultados gerados pelo HMMER e inserção dos mesmos nos bancos de dados do SATEComp visando a complementação dos resultados obtidos pelo processo de homologia.