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Determinação de estrutura 3D de proteínas e materiais nanoestruturados com dados incertos via otimização

Processo: 21/03269-7
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2022
Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2024
Área do conhecimento:Engenharias - Engenharia de Produção - Pesquisa Operacional
Pesquisador responsável:Luiz Leduíno de Salles Neto
Beneficiário:Luiz Leduíno de Salles Neto
Instituição Sede: Instituto de Ciência e Tecnologia (ICT). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São José dos Campos. São José dos Campos , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Carlile Campos Lavor ; Phillip Duxbury ; Weldon Alexander Lodwick
Assunto(s):Otimização  Materiais nanoestruturados  Estrutura tridimensional de proteínas  Geometria de distâncias 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Geometria de distâncias | Nanomateriais | otimização | Proteinas | Otimização

Resumo

O projeto visa dar continuidade à pesquisa que o proponente tem realizado sobre o Unassigned Distance Geometry Problem (uDGP), em colaboração com os pesquisadores Phil Duxbury (Michigan State University), Carlile Lavor (Unicamp) e Weldon Lodwick (University of Colorado Denver) e nesta versão traz um detalhamento da metodologia, conforme apontamento dos revisores, bem como sua atualização (subseção 4.4). Também foi reformulado o plano de gestão de dados e o orçamento, que ficou enxuto. Recentemente o proponente, em conjunto com o professores Duxbury, Lavor e Leo Liberti (CNRS-França), publicaram um artigo que apresenta novos modelos de otimização e uma matheurística para o uDGP, considerado até então um problema em aberto da área de geometria de proteínas. Também recentemente o proponente e o pesquisador Weldon Lodwick publicaram um livro organizando a teoria de otimização sob generalizada incerteza. Neste projeto busca-se o desenvolvimento de modelos e métodos para o uDGP com dados incertos, o que ocorre na prática laboratorial, partindo de motivações apresentadas por pesquisadores experimentais da área de nanomateriais e proteínas. Os avanços obtidos no projeto também serão abordados em um livro sobre aplicações da otimização sob generalizada incerteza, contribuindo para divulgação e formação de novos pesquisadores neste campo. (AU)

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Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SIMOYAMA, FELIPE DE OLIVEIRA; TOMAS, LIVIA RODRIGUES; PINTO, FELIPE MATHEUS; SALLES-NETO, LUIZ LEDUINO; SANTOS, LEONARDO BACELAR LIMA. Optimal rain gauge network to reduce rainfall impacts on urban mobility - a spatial sensitivity analysis. INDUSTRIAL MANAGEMENT & DATA SYSTEMS, v. 122, n. 10, p. 20-pg., . (21/03269-7, 16/01860-1)
COSTA, T. M.; CHALCO-CANO, Y.; OSUNA-GOMEZ, R.; LODWICK, W. A.. Interval order relationships based on automorphisms and their application to interval optimization. INFORMATION SCIENCES, v. 615, p. 12-pg., . (21/03269-7)
SIMOYAMA, FELIPE DE OLIVEIRA; CROOPE, SILVANA; TOMAS, LIVIA RODRIGUES; CURTIN, KEVIN M.; PRICE, ASHLEIGH N.; NETO, LUIZ LEDUINO DE SALLES; SANTOS, LEONARDO BACELAR LIMA. Gradual cooperative coverage models for optimally locating rain gauges on an urban transportation network. EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS, v. 224, p. 14-pg., . (21/03269-7, 16/01860-1)
SIMOYAMA, FELIPE DE OLIVEIRA; CROOPE, SILVANA; NETO, LUIZ LEDUINO DE SALLES; SANTOS, LEONARDO BACELAR LIMA. Optimization of rain gauge networks-A systematic literature review. SOCIO-ECONOMIC PLANNING SCIENCES, v. 86, p. 14-pg., . (21/03269-7, 16/01860-1)
BUTKERAITES, RENAN BRITO CANO; NETO, LUIZ LEDUINO DE SALLES; GENDREAU, MICHEL. A sampling-based multi-objective iterative robust optimization method for Bandwidth Packing Problem. EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS, v. 203, p. 8-pg., . (21/03269-7)