On the Weak Binding and Spectroscopic Signature of SARS-CoV-2 nsp14 Interaction with RNA

Autor(es)

Hassan, Ayaz ^[1] ; Sedenho, Graziela C. ^[1] ; Vitale, Phelipe A. M. ^[2] ; Oliviera, Mona N. ^[2] ; Crespilho, Frank N. ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Sao Carlos Inst Chem, Dept Phys Chem, Av Trabalhador Sao Carlense 400, BR-13566590 Sao Carlos, SP - Brazil

^[2] Biolinker, Av Prof Lineu Prestes, BR-05508000 Sao Paulo, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: CHEMBIOCHEM; v. 22, n. 24 OCT 2021.
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Resumo

The SARS-CoV-2 non-structural protein 14 (nsp14), known as exoribonuclease is encoded from the large polyprotein of viral genome and is a major constituent of the transcription replication complex (TRC) machinery of the viral RNA synthesis. This protein is highly conserved among the coronaviruses and is a potential target for the development of a therapeutic drug. Here, we report the SARS-CoV-2 nsp14 expression, show its structural characterization, and ss-RNA exonuclease activity through vibrational and electronic spectroscopies. The deconvolution of amide-I band in the FTIR spectrum of the protein revealed a composition of 35 % alpha-helix and 25 % beta-sheets. The binding between protein and RNA is evidenced from the spectral changes in the amide-I region of the nsp14, showing protein conformational changes during the binding process. A value of 20.60 +/- 3.81 mol L-1 of the binding constant (K-D) is obtained for nsp14/RNA complex. The findings reported here can motivate further studies to develop structural models for better understanding the mechanism of exonuclease enzymes for correcting the viral genome and can help in the development of drugs against SARS-CoV-2. (AU)

• Processo FAPESP: 20/04796-8 - Estudos in situ e operando de metaloenzimas para conversão de energia e bioeletrossíntese de combustíveis
• Beneficiário: Graziela Cristina Sedenho
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 18/22214-6 - Rumo à convergência de tecnologias: de sensores e biossensores à visualização de informação e aprendizado de máquina para análise de dados em diagnóstico clínico
• Beneficiário: Osvaldo Novais de Oliveira Junior
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 19/12053-8 - Eletrodos de alto desempenho aplicados em baterias orgânicas e em biocélulas a combustível
• Beneficiário: Frank Nelson Crespilho
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 19/15333-1 - Células híbridas bio-foto-eletroquímicas para conversão de energia solar
• Beneficiário: Frank Nelson Crespilho
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular