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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Optimized methodology for obtention of high-yield and-quality RNA from the mycelium of the bioluminescent fungus Neonothopanus gardneri

Texto completo
Autor(es):
Nobrega, Bianca B. [1, 2] ; Soares, Douglas M. M. [2] ; Zamuner, Caio K. [2] ; Stevani, V, Cassius
Número total de Autores: 4
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Sao Paulo, Inst Quim, Dept Bioquim, Sao Paulo - Brazil
[2] V, Univ Sao Paulo, Inst Quim, Dept Quim Fundamental, Sao Paulo - Brazil
Número total de Afiliações: 2
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Journal of Microbiological Methods; v. 191, DEC 2021.
Citações Web of Science: 0
Resumo

Neonothopanus gardneri, also known as coconut flower mushroom (flor-de-coco), is a Brazilian bioluminescent basidiomycete found in Palm Forest, a transitional biome between the Amazonian Forest and Caatinga (Savanna like vegetation) in Northeast Brazil, especially in Piaui State. Recent advances toward the elucidation of fungal bioluminescence have contributed to the discovery of four genes (hisps, h3h, luz and cph) involved with the bioluminescence process, the so-called Caffeic Acid Cycle (CAC) and to develop biotechnological applications such autoluminescent tobacco plants and luciferase-based reporter genes. High-yield and-quality RNA-extraction methods are required for most of these purposes. Herein, four methods for RNA isolation from the mycelium of N. gardneri were evaluated: RNeasy (R) kit (QIAGEN), TRI+, TRI18G+, and TRI26G+. Highest RNA yield was observed for TRI18G+ and TRI26G+ methods, an increase of similar to 130% in comparison to the RNeasy (R) method and of similar to 40% to the TRI+ protocol. All the RNA samples showed good purity and integrity, except by gDNA contamination in RNA samples produced with the RNeasy (R) method. High quality of RNA samples was confirmed by successful cDNA synthesis and PCR amplification of the coding sequence of h3h gene, responsible for the hydroxylation of the precursor of fungal luciferin (3-hydroxyhispidin). Similarly, RT-qPCR amplification of ef-tu gene, related to the protein biosynthesis in the cell, was demonstrated from RNA samples. This is the first report of a reproducible, time-saving and low-cost optimized method for isolation of high-quality and-yield, DNA-free RNA from a bioluminescent fungus, but that can also be useful for other basidiomycetes. (AU)

Processo FAPESP: 20/16000-3 - Caracterização funcional de genes candidatos ao relógio biológico de Neonothopanus gardneri e sua relação com a bioluminescência
Beneficiário:Bianca de Barros Nóbrega
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 19/12605-0 - Bioluminescência de Fungos, Centopeia e Organismos Marinhos: Aspectos Químicos e Biológicos
Beneficiário:Douglas Moraes Mendel Soares
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 19/21782-3 - Ciclo do Ácido Cafeico (CAC) na bioluminescência fúngica: efeito antioxidante da luciferina, reciclagem da oxiluciferina e estresse oxidativo
Beneficiário:Caio Klocke Zamuner
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 17/22501-2 - Quimiexcitação eletrônica em sistemas biológicos: bioluminescência e 'foto'química no escuro
Beneficiário:Etelvino José Henriques Bechara
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático