Validação da nested PCR em tempo real em um tubo para detecção de Cryptosporidium spp. em amostras fecais de aves

Autor(es)

Bruna Nicoleti Santana ^[1] ; Elis Domingos Ferrari ^[2] ; Alex Akira Nakamura ^[3] ; Giane Serafim da Silva ^[4] ; Marcelo Vasconcelos Meireles ^[5]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Universidade Estadual Paulista. Faculdade de Medicina Veterinária - Brasil

^[2] Universidade Estadual Paulista. Faculdade de Medicina Veterinária - Brasil

^[3] Universidade Estadual Paulista. Faculdade de Medicina Veterinária - Brasil

^[4] Instituto Biológico. Laboratório de Parasitologia Animal - Brasil

^[5] Universidade Estadual Paulista. Faculdade de Medicina Veterinária - Brasil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária; v. 31, n. 1 2022-03-21.

Resumo

Resumo O objetivo deste trabalho foi validar um protocolo de nested PCR em tempo real em um tubo (nPCR-TR-1T) seguida de sequenciamento genético para detectar e caracterizar as espécies e genótipos de Cryptosporidium em aves. Um total de 443 amostras de DNA genômico, extraído de amostras fecais de aves, foi analisado pela nPCR-TR-1T e pela nested PCR convencional. Pela nPCR-TR-1T, foi observada positividade para Cryptosporidium spp. de 20,3% (90/443), em contraste com a nested PCR convencional, que apresentou positividade de 8,1% (36/443). O teste de sensibilidade analítica mostrou que a nPCR-TR-1T detecta aproximadamente 0,5 oocisto (2 esporozoítos) por reação. A avaliação da especificidade analítica não revelou amplificação de microrganismos que comumente apresentam amplificação inespecífica com primers utilizados para o diagnóstico de Cryptosporidium spp. O cálculo da repetibilidade evidenciou o mesmo resultado em 27 de 30 amostras (90%). Em relação à reprodutibilidade da nPCR-TR-1T, foi observado o mesmo resultado em 80% (24/30) das amostras examinadas. Foi possível realizar o sequenciamento em todas as 90 amostras amplificadas pela nPCR-TR-1T, com identificação de C. baileyi, C. galli, C. meleagridis, C. proventriculi e Cryptosporidium genótipo I em aves. O sequenciamento dos fragmentos amplificados pela nested PCR convencional foi possível em 10/36 (27,8%) das amostras positivas. (AU)

• Processo FAPESP: 18/03791-2 - Validação da PCR em tempo real associada a sequenciamento genético para detecção e caracterização de espécies e genótipos de Cryptosporidium em amostras fecais de aves
• Beneficiário: Bruna Nicoleti Santana
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 18/06681-3 - Validação da PCR em tempo real associada a sequenciamento genético para detecção e caracterização de espécies e genótipos de Cryptosporidium em amostras fecais de aves e de mamíferos
• Beneficiário: Marcelo Vasconcelos Meireles
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular