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GBS-MeDIP: A protocol for parallel identification of genetic and epigenetic variation in the same reduced fraction of genomes across individuals

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Autor(es):
Rezaei, Shiva ; Uffenorde, Julia ; Gimm, Oliver ; Feizi, Mohammad Ali Hosseinpour ; Miemczyk, Stefan ; Coutinho, Luiz Lehmann ; Jensen, Per ; Guerrero-Bosagna, Carlos ; Pertille, Fabio
Número total de Autores: 9
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: STAR PROTOCOLS; v. 3, n. 1, p. 21-pg., 2022-03-18.
Resumo

The GBS-MeDIP protocol combines two previously described techniques, Geno-type-by-Sequencing (GBS) and Methylated-DNA- Immunoprecipitation (MeDIP). Our method allows for parallel and cost-efficient interrogation of genetic and methylomic variants in the DNA of many reduced genomes, taking advantage of the barcoding of DNA samples performed in the GBS and the subsequent creation of DNA pools, then used as an input for the MeDIP. The GBS-MeDIP is particularly suitable to identify genetic and methylomic biomarkers when resources for whole genome interrogation are lacking. (AU)

Processo FAPESP: 18/13600-0 - Análise do metiloma e transcriptoma de galinhas submetidas a estresse de iluminação no ambiente de produção pecuária
Beneficiário:Fábio Pértille
Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 16/20440-3 - Análise epigenética de perfil de metilação em frangos submetidos à condições de estresse no ambiente de produção
Beneficiário:Fábio Pértille
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado