Análise de interações da cromatina na região do gene SOCS1

Resumo

Enhancers são regiões do genoma conhecidas como elementos regulatórios cis. Desempenham um papel central guiando a expressão genica que gera especificidade celular, sendo capazes de ativar a transcrição de seus genes alvos a grandes distancias. Tanto a condensação da cromatina como a metilação do DNA são capazes de inibir a atividade do enhancer. Recentemente, resultados da minha tese de doutorado demonstraram a existência de uma região regulatória, ainda não descrita na literatura, localizada na ilha CpG do gene SOCS1. Em ensaio de gene repórter esta região apresentou atividade enhancer que foi interrompida pela metilação do DNA in vitro. Análises de bioinformática nos permitiu encontrar possíveis genes alvos deste novo enhancer: RSL1D1, SNN, RMI2, CLEC16A, GSTP1. Estes genes que são candidatos à regulação enhancer de SOCS1 estão associados à proliferação celular, apoptose e regulação da resposta imune inflamatória. Analise in vivo demostrou que quando a ilha CpG do gene SOCS1 estava hipermetilada em amostras de indivíduos com inflamação crônica do periodonto ( periodontite crônica) uma anti-correlação entre a hipermetilação e a expressão do genes alvos pode ser observada nestas amostras. Para finalizar a caracterização dessa região regulatória no SOCS1 será necessário demonstrar a interação desta com a região promotora de um de seus genes alvo. Desta forma, a proposta para esse projeto de pós-doutorado é uma complementação dos resultados obtidos durante o doutorado, onde pretendemos demonstrar in vitro as interações enhancer (SOCS1) ® promotor (gene-alvo) em diferentes linhagens celulares humanas. Para tanto, propomos a utilização da técnica de Captura da Conformação da Cromatina (Chromosome Conformation Capture - 3C). Pela técnica 3C poderemos comprovar a existência das interações das regiões pesquisadas e também mostrar tipos celulares nos quais estas interações podem estar ou não ocorrendo. (AU)