Estudo genômico e filogenético de cepas emergentes de Acinetobacter baumannii pertencentes ao Clone Internacional 2 durante o período de pandemia da COVID-19

Resumo

Acinetobacter baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAB) é um patógeno de grande importância em infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS), e associado a altas taxas de mortalidade. Pode apresentar diferentes mecanismos de resistência como aqueles relacionados a genes cromossomais, elementos genéticos móveis e mutações. A distribuição de CRAB no mundo é limitada a algumas linhagens, conhecidas como clones de alto risco. Os isolados pertencentes ao Complexo Clonal (CC) 2 (também denominado de Clone Internacional 2, IC2) são altamente prevalentes na Europa, Austrália, Ásia e América do Norte, enquanto na América Latina poucos são os relatos do mesmo. Durante a pandemia de COVID-19, um impacto sem precedentes nos serviços de saúde fez as taxas de IRAS aumentarem, assim como as IRAS causadas por bactérias multirresistentes. Para A. baumannii não foi diferente; devido à fisiopatologia da COVID-19, o uso de ventilação mecânica foi frequente durante a pandemia, o que parece ter contribuído para o aumento de pneumonias associadas a ventilação mecânica (PAV) por CRAB. Em agosto de 2020, um isolado de CRAB pertencente ao IC2 foi identificado em nosso serviço, seguido de um surto de grandes proporções no hospital indice. Posteriormente, outros isolados de CRAB IC2 foram identificados em outros hospitais, o que motivou o desenvolvimento deste estudo. Assim, nosso objetivo é investigar a disseminação e avaliar os mecanismos associados à resistência antimicrobiana em isolados clínicos de A. baumannii pertencentes ao IC2, provenientes de diferentes hospitais do estado de São Paulo. Para tanto, os isolados serão submetidos a testes de sensibilidade aos antimicrobianos (disco difusão e microdiluição em caldo) e sequenciamento de genoma (Illumina) para caracterização da clonalidade em fina escala (análise de SNPs) e detecção dos mecanismos de resistência e virulência. Também iremos sequenciar isolados representativos por tecnologia de long reads (MinIon), a fim de identificar e caracterizar o ambiente genético dos genes de resistência, plasmidiais ou não. É previsto um estágio de curta duração na Universidade de Cologne, Alemanha, sob supervisão do Dr Paul Higgins, para aprimorar as análises genômicas.