Confirmação e otimização de hits para proteínas ligantes de RNA com domínio KH.

Resumo

A descoberta de hits baseado em fragmentos (FHBDD) é uma ferramenta moderna e eficaz para a descoberta de moléculas protótipo, e o desenvolvimento de vários fármacos recentes aprovados pela FDA usou este método como estratégia. Em nosso grupo, estudamos proteínas de ligação ao RNA contendo o domínio KH, que permite que uma proteína se ligue a um conjunto específico de mRNAs alvo na célula, para controlar processos como o transporte de RNAs do núcleo para o citoplasma e o processo de splicing do RNA. Esta classe de proteínas está relacionada a doenças como câncer e doenças neurológicas. Neste projeto estudaremos duas proteínas desta família: FUBP2 e NOVA1, que possuem características estruturais semelhantes e para as quais não existem inibidores de moléculas pequenas disponíveis. Durante a fase inicial deste trabalho, expressamos e purificamos ambas as proteínas e realizamos triagens de fragmentos por cromatografia de afinidade fraca acoplada à espectrometria de massa (WAC-MS) em duas delas. Derivamos então moléculas maiores dos resultados iniciais, por síntese orgânica. Aqui propomos empregar ressonância plasmônica de superfície (SPR) e cristalografia de raios X como ensaios ortogonais para confirmar os ligantes iniciais para o domínio KH. O objetivo é elucidar o modo de ligação e investigar se é possível encontrar novos ligantes comuns para o domínio KH. A partir disso, esperamos entender como a seletividade entre as proteínas KH pode ser alcançada. As descobertas iniciais guiarão uma nova rodada de síntese orgânica para obter candidatos líderes seletivos e específicos semelhantes a medicamentos. O projeto se beneficiará enormemente da infraestrutura da Universidade de Oxford, considerada a melhor do mundo em bioquímica.