Os Programas voltados a Temas Específicos têm o objetivo de induzir o desenvolvimento de pesquisas que promovam o avanço da fronteira do conhecimento, suas aplicações em áreas respectivamente relacionadas e subsídios à formulação de políticas públicas.
- Pesquisa em eScience e Data Science
- Pesquisa em Bioenergia (BIOEN)
- Mudanças Climáticas Globais
- Pesquisa em Biodiversidade (BIOTA)
- Sistema Integrado de Hidrometeorologia do Estado de São Paulo (SIHESP)
- Tecnologia da Informação no Desenvolvimento da Internet Avançada (TIDIA)
- Cooperação Interinstitucional de Apoio à Pesquisa sobre o Cérebro (CInAPCe)
- Rede de Biologia Estrutural em Tópicos Avançados de Ciências da Vida (Smolbnet)
- Genoma
- Rede de Diversidade Genética de Vírus (VGDN)
