A FAPESP integra a Global Alliance for Chronic Diseases (GACD), que reúne agências financiadoras de pesquisas em doenças crônicas não transmissíveis. Com sede em Londres, a GACD financia programas de pesquisa em doenças crônicas ou relacionadas ao estilo de vida, como doenças cardiovasculares, diabetes, alguns tipos de cânceres, doenças pulmonares e transtornos mentais.
Entre os membros da aliança estão o National Health and Medical Research Council da Australia, os Institutes of Health Research do Canadá, a Academia de Ciências Médicas da China, o Medical Research Council do Reino Unido, a Agência para Pesquisa Médica do Japão, a Direção Geral de Pesquisa e Inovação da Comissão Europeia e os National Institutes of Health (NIH) dos Estados Unidos.