Uma abordagem baseada em polimorfismo de nucleotídeo único semiautomática para identificação de contaminantes em populações poliploides biparentais de gramíneas forrageiras tropicais

• Processo: 21/11517-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2021
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Plantas forrageiras Genômica Polimorfismo de um único nucleotídeo Variação genética
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Forrageiras | Genômica | Poliploide | SNPs | Variação genética | Genética e Genômica de Plantas Cultivadas

Resumo

A hibridização artificial desempenha um papel fundamental nos programas de melhoramento de plantas, pois gera novas combinações genotípicas que podem resultar em fenótipos desejáveis. Dependendo da espécie e do modo de reprodução, os cruzamentos controlados podem ser desafiadores e indivíduos contaminantes podem ser introduzidos acidentalmente. Nesse contexto, a identificação de tais contaminantes é importante para não comprometer novos ciclos de seleção, bem como estudos genéticos e genômicos. O principal objetivo deste trabalho foi propor uma metodologia multivariada automatizada para a detecção eclassificação de supostos contaminantes, incluindo clones apomíticos (ACs), indivíduos autofertilizados, meios-irmãos (HSs) e contaminantes completos (FCs), em progênies poliplóides biparentais de gramíneas forrageiras tropicais. Estabelecemos um pipeline para identificar contaminantesem dados de genotipagem por sequenciamento (GBS) codificados como dosagens de alelos de marcadores de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP), integrando análise de componente principal (PCA), análise genotípica (GA) medidas com base na segregação Mendeliana e análise de agrupamento (CA). A combinação desses métodos permitiu a correta identificação de todos os contaminantes em todas as progênies simuladas e a detecção de possíveis contaminantes em três progênies reais de gramíneas forrageiras tropicais, proporcionando uma metodologia fácil e promissora para a identificação de contaminantes em progênies biparentais de tetraplóides e espécies hexaplóides. O pipeline proposto foi disponibilizado por meio do aplicativo polyCID Shiny e pode ser facilmente acoplado a abordagens genéticas tradicionais, como a construção de mapas de ligação, aumentando assim a eficiência dos programas de melhoramento. (AU)