EMU: Aquisição de um upgrade para sistema de cromatografia líquida acoplado a espectrômetro de massa para aprimorar o leque de análises realizadas no REDOX PROTEOMICS CORE, Laboratório Multiusuários de Proteômica do IQ/ USP

• Processo: 23/17031-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Infraestrutura - Pequeno Médio Porte
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2027
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Graziella Eliza Ronsein
• Beneficiário: Graziella Eliza Ronsein
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Danilo Bilches Medinas ; Deborah Schechtman
• Assunto(s): Espectrometria de massas Proteômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: espectrometria de massa | nanoLC | proteômica | Proteômica

Resumo

Desde 2016 o REDOX PROTEOMICS CORE, um laboratório multiusuários associado a Central Analítica do Instituto de Química da USP, oferece análises especializadas de proteômica a usuários de todo o Estado de São Paulo, de outros estados e inclusive internacionais. A presente proposta solicita um upgrade para a instrumentação dedicada a análises proteômicas disponível no REDOX PROTEOMICS CORE. O upgrade contempla os seguintes acessórios: 1) Sistema de LC multifuncional; 2) Interface para mobilidade iônica FAIMS Pro Duo Interface 3) Fonte de íons interna EASY-ETD (Electron-Transfer Dissociation). O upgrade solicitado irá proporcionar melhorias consideráveis em três eixos principais: 1) aumento na capacidade de processamento de amostras; 2) aumento no número de identificações de peptídeos e proteínas em cada amostra, aliado a diminuição de ruído e efeitos de matriz; 3) adição de uma nova capacidade à facility - identificação de modificações pós-traducionais. Atualmente, um dos grandes gargalos para nossa facility é a alta demanda/tempo de espera para as análises. O nosso espectrômetro de massas opera 24 h por dia e 7 dias na semana. Ainda assim, a fila de espera para injeção de amostras é de aproximadamente 2 meses. A substituição do sistema de nanoLC atual (que já foi descontinuado pela empresa), por um sistema mais moderno, além de proporcionar mais opções para a separação cromatográfica, irá proporcionar uma economia de aproximadamente 30 % no tempo de análise para cada amostra. Esta economia de tempo é chave especialmente para projetos que envolvem estudos de coorte. Em paralelo, a aquisição da interface de mobilidade iônica "FAIMS Pro" irá adicionar uma nova modalidade de separação aos peptídeos, ortogonal à separação que ocorre durante a eluição pela coluna cromatográfica. Esta seletividade ortogonal introduzida pela interface FAIMS exclui os íons provenientes de contaminantes e ruídos do sistema, aumentando a sensibilidade e os limites de detecção e quantificação. A mobilidade iônica é uma ferramenta que permite identificar e quantificar proteínas presentes em baixíssima abundância em amostras extremamente complexas, compostas de matrizes não proteicas e/ou com grandes quantidades de contaminantes, exemplos são fezes, tecido cerebral e tecidos fixados com formalina em parafina. Por fim, ao incorporar a capacidade de fragmentação por ETD, passaremos a oferecer aos usuários do REDOX PROTEOMICS CORE o estado da arte na análise de modificações pós-traducionais. Pesquisas que focam em sinalização celular, por exemplo, seriam beneficiadas enormemente com a incorporação do ETD à nossa plataforma. Outra área que seria especialmente beneficiada com a aquisição da fonte interna ETD é o estudo do proteoma REDOX, especialmente no que tange os resíduos de cisteínas e as ligações dissulfeto. Está é uma área central de estudos do grupo de diversos usuários da facility. Estima-se que com o upgrade do equipamento já disponível no nosso laboratório multiusuários centralizado, que contempla opções mais avançadas e na fronteira do conhecimento em proteômica, o REDOX PROTEOMICS CORE poderá fornecer análises proteômicas para todo o estado de São Paulo, com a mesma qualidade dos resultados obtidos em renomados centros internacionais de excelência. (AU)