Laboratório associado de bioinformática no Programa Humano do Câncer

• Processo: 00/08727-7
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2000
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2002
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biologia Geral
• Acordo de Cooperação: Instituto Ludwig
• Pesquisador responsável: Paulo Sergio Lopes de Oliveira
• Beneficiário: Paulo Sergio Lopes de Oliveira
• Instituição Sede: Faculdade de Ciência da Computação. Universidade de Santo Amaro (UNISA). São Paulo , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São Paulo
• Assunto(s): Biologia computacional Laboratórios Genoma Humano do Câncer
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Biologia Computacional | Bioquimica

Resumo

Na primeira parte, foi descrito o desenvolvimento de uma metodologia para análise em larga escala de splicing alternativo no transcriptoma humano. Neste trabalho, é mostrado um meio de se descrever formas de splicing alternativo de transcritos de um dado gene utilizando uma matriz de dígitos binários e utilizamos os dados obtidos para calcular estatísticas do processo de splicing alternativo no transcriptoma humano, além de abordar a importância do processo em transcriptomas de células tumorais. Na última parte, foi descrito resultados preliminares da utilização de técnicas de modelagem molecular de proteínas por homologia e dinâmica molecular na predição do caráter deletério de mutações na proteína VHL (pVHL) implicada na síndrome de Von Hippel-Lindau, uma doença capaz de causar tumores benignos e malignos, como angioma, feocromocitona e carcinoma real. A pVHL participa de sistemas bioquímicos complexos, que podem ser segregados pela análise estrutural da proteína. O mapeamento entre domínios da proteína onde as mutações ocorrem com as possíveis funções metabólicas afetadas (algumas bem relacionadas a fenótipos tumorais) podem dar pistas para a predição do efeito de novas mutações. Este projeto vem sendo realizado em colaboração com o Dr. José Cláudio Casale Rocha (Hospital do Câncer) e Dra. Anamaria Camargo (Laboratório de Genética do Câncer, Instituto Ludwig de Pesquisas sobre o Câncer). (AU)