Laboratório associado de bioinformática no Programa Humano do Câncer

• Processo: 00/08825-9
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2000
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2003
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina
• Acordo de Cooperação: Instituto Ludwig
• Pesquisador responsável: Eduardo Massad
• Beneficiário: Eduardo Massad
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Laboratórios Genoma Humano do Câncer
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Bioquimica

Resumo

Disciplina de Informática Médica da Faculdade de Medicina da USP, desde sua criação nos anos 80, tem sido pioneira na aplicação dos conceitos da Matemática e da Computação às ciências médicas e biológicas em geral. Na área de bioinformática aplicada ao genoma, entretanto, nossa disciplina é ainda um trainee. Foi com o espírito de ultrapassar essa fase inicial e transformar-se em um verdadeiro grupo de pesquisa na área, que pleiteamos a participação na parte de informática do Projeto Genoma do Câncer o, HCGP, e trabalhamos durante o projeto. Sem muita experiência na área, o grupo praticamente limitou-se a conhecer o que os outros grupos do estado estavam fazendo e a compreender as técnicas básicas da biologia computacional aplicada ao genoma humano. Foi assim que o grupo participou do trabalho de avaliação dos resultados dos diversos programas (e, portanto, técnicas) de alinhamento e clusterização, disponíveis nas áreas acadêmica e comercial, quando aplicados à clusterização e alinhamento das sequências ORESTES produzidas pelo HCGP. Do ponto de vista dos resultados práticos obtidos com o projeto, o grupo foi um coadjuvante menor nas iniciativas tomadas pelo projeto. Entretanto, a prática exercida durante o primeiro ano de projeto permitiu que o grupo pudesse definir uma área na qual poderia realmente contribuir. Sendo um grupo que têm trabalhado durante os últimos dez anos principalmente com estatística e modelos matemáticos aplicados aos fenômenos biológicos e populacionais, delineou-se claramente que nosso foco deveria estar concentrado, não no desenvolvimento, aperfeiçoamento e utilização de ferramentas e recursos computacionais, mas na pesquisa de novas técnicas de modelagem matemática de fenômenos genômicos. Da citada experiência de cIusterização e alinhamento das sequências ORESTES geradas pelo HCGP, surgiu a ideia de aplicar conceitos de lógica fuzzy ao problema da clusterização de EST's. Os princípios dessa técnica estão descritos no Anexo I do relatório entregue ao fim do primeiro ano de projeto e ainda constituem uma das linhas de pesquisa básica do grupo. Ao mesmo tempo, como efeito colateral das iniciativas do grupo, surgiu a ideia de ampliar o conhecimento do grupo sobre os métodos estatísticos aplicáveis à pesquisa genômica. Embora não seja uma pesquisa dirigida especificamente ao estudo das sequências ORESTES geradas pelo HCGP, ela está produzindo duas dissertações de mestrado, uma das quais deverá estar pronta até meados de Junho de 2003 e a outra até meados de Junho de 2004. Os dois projetos foram apresentados como anexos II e III do relatório anterior. Embora ainda nâo estejam completas, essas duas pesquisas já se mostram uma fonte inestimável de novos conhecimentos e informações úteis para nossa pesquisa com as sequências ORESTES. Finalmente, a combinação dessas duas vertentes levou a uma evolução da ideia de aplicar a lógica fuzzy à cIusterização de EST's: a ideia de estudar a variabilidade genética e a evolução do genoma como um problema de gramáticas ambíguas sob o ponto de vista da lógica fuzzy, um problema de Gramáticas Formais Fuzzy. Essa pesquisa já está na fase de redação do artigo para publicação e sua primeira versâo é apresentada em anexo. (AU)