Laboratório de sequenciamento no Programa Genoma Humano do Câncer

• Processo: 99/03662-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 1999
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2001
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: Instituto Ludwig
• Pesquisador responsável: Elizabeth Angelica Leme Martins
• Beneficiário: Elizabeth Angelica Leme Martins
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Estresse oxidativo Genoma Humano do Câncer
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia Celular | Estresse Oxidativo | Microorganismos Patogenicos | Purificacao De Proteinas | Transformacao Celular

Resumo

O Projeto Genoma Humano do Câncer está sendo realizado pelo consórcio F APESP Instituto Ludwig. Seus objetivos, estrutura de trabalho, responsabilidades, e mesmo as técnicas de preparo de amostras e as análises por bioinformática a serem utilizadas, estão claramente descritos no endereço da internet http://horacio.ludwig.org.br/ORESTES. O projeto propõe o sequenciamento de 500 a 700 mil ESTs (expressed sequence tags) pelo método ORESTES, o qual possibilita a leitura de regiões codificadoras mais internas dos cDNAs (Emmanuel Dias Neto et aI. (2000) PNAS 97(7): 3491-3496). O sequenciamento deve gerar aproximadamente 200Mb de sequencia de genoma humano, prevendo-se 50MB de novas sequencias e possibilitando o alinhamento de cerca de 40 mil genes. O preparo de rnRNA de tumores é de responsabilidade do Coordenador de RNA. O coordenador de Bibliotecas prepara os perfis de DNA segundo o método ORTESTES. Os Laboratórios de Sequenciamento manipulam os perfis, geram bibliotecas e cuidam do estoque das mesmas. Também preparam templates a partir dos clones e finalmente produzem as amostras a serem sequenciadas. As amostras são encaminhadas para leitura no Laboratório Central. As sequencias geradas são submetidas ao Laboratório de Bioinformática pelo Laboratório de Sequenciamento que então avalia os resultados referentes à contaminação da biblioteca com DNA bacteriano, DNA genômico e grau de repetição de sequencias. Na estrutura estabelecida o nosso grupo, MR4, Laboratório de Sequenciamento, está sob responsabilidade do Centro de Sequenciamento MR-0, coordenado pela Dra. Maria Aparecida Nagai da Faculdade de Medicina - USP, São Paulo. O grupo MR4 e formado por 4 pesquisadores, Elizabeth A. L. Martins (coordenadora), Ana Lucia T. O. do Nascimento, Luciana C. C. Leite e Paulo Lee Ho, e três técnicos de nível médio com bolsas de estudo concedidas pelo Instituto Ludwig Internacional. Os objetivos e responsabilidades dos Laboratórios de Sequenciamento foram definidos pelos proponentes do projeto: 1- O preparo de 1/5 das amostras solicitadas para cada Centro de Sequenciamento. 2- A geração de 1/5 do número de sequencias válidas solicitadas ao Centro de sequenciamento. 3- A avaliação das sequencias geradas a partir dos dados disponibilizados pelo Centro de Bioinformática. (AU)