Programa Genoma Humano do Câncer - coordenador de bioinformática

• Processo: 99/04925-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 1999
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2002
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: Instituto Ludwig
• Pesquisador responsável: Sandro José de Souza
• Beneficiário: Sandro José de Souza
• Instituição Sede: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer (ILPC). São Paulo , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São Paulo
• Assunto(s): Biologia computacional Colágeno Metaloproteases Genoma Humano do Câncer
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Colagenese | Colageno | Intron | Metaloprotease

Resumo

The current human Expressed Sequence Tag (EST) database contains ~ 4.1 million entries (dbEST release 030802). Around 750,000 of those correspond to sequences generated within the Fapesp/LICR Human Cancer Genome Project. This corresponds to almost 20% of all human entries in dbEST. The fact that these sequences were generated using ethe ORESTES methodology (Dias-Neto et at, 2000) makes them even more important. As discussed in previous reports from this project and also in the literature (Dias-Neto et al., de Souza et al., 2000; Camargo et al., 2001; Riggins and Strausberg, 2001), ORESTES sequences are characterized for their biased distribution towards the central part of the messages and also for their normalization capacity. (AU)