Para compreender o reconhecimento molecular em transcrição eucariótica: os complexos TBP-TATA box

• Processo: 99/08268-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2000
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2001
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica
• Pesquisador responsável: Osmar Norberto de Souza
• Beneficiário: Osmar Norberto de Souza
• Instituição Sede: Associação Brasileira de Tecnologia de Luz Síncrotron (ABTLuS). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Sequência de bases DNA TATA box Fatores associados à proteína de ligação a tata Simulação de dinâmica molecular Simulação por computador
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Computer Simulation | Dna Curvature | Dna Flexibility | Eukaryotic Transcription | Molecular Dynamics | Tata Box Mutations
• Publicação FAPESP: https://media.fapesp.br/bv/uploads/pdfs/Investindo...pesquisadores_65_89_89.pdf

Resumo

A afinidade da interação do complexo TBP–TATA box foi mostrada como sendo crucial para a força do promotor in vivo e in vitro. Além disso, simulações recentes de dinâmica molecular (MD) mostraram que a estabilidade do complexo depende da flexibilidade, curvatura e dobramento dependentes da sequência do promotor TATA ao se ligar pela TBP. A TBP liga seu lugar de reconhecimento pelo sulco menor do DNA. Algumas mutações transversas T.A a A.T no promotor TATA box não são bem toleradas. Esse resultado é difícil de racionalizar, pois é amplamente aceito que interações de reconhecimento no sulco menor do DNA não são capazes de distinguir pares de base A.T de T.A. No primeiro ano, sequências de DNA de tipo selvagem e mutante com pelo menos 12 pares de base de comprimento serão investigadas em solução aquosa por simulações de computador de MD de última geração. Suas estruturas previstas serão atracadas à superfície tipo sela da TBP e a conformação induzida do DNA pela TBP será investigada por simulações de computador de MD. Este trabalho tenta obter uma compreensão básica, no nível atômico, do reconhecimento de diferentes promotores TATA box por TBP e como o reconhecimento pode afetar a transcrição. (AU)