Usando dados esparsos de ressonância magnética nuclear e modelagem comparativa para determinar estrutura e dinâmica de proteínas com aplicação em desenho racional de drogas

• Processo: 11/11343-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2015
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Rinaldo Wander Montalvão
• Beneficiário: Rinaldo Wander Montalvão
• Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Hélio Crestana Guardia ; Richard Charles Garratt
• Bolsa(s) vinculada(s): 13/20929-4 - Determinação de complexos entre proteínas a partir de dados experimentais esparsos, BP.DR; 12/23001-0 - Estudo e desenvolvimento de uma GUI baseada em C++/QT/VTK para programas de modelagem de proteínas, BP.IC; 12/00137-3 - Usando dados esparsos de Ressonância Magnética Nuclear e Modelagem Comparativa para determinar estrutura e dinâmica de proteínas com aplicação em desenho racional de drogas, BP.JP
• Assunto(s): Cristalografia Proteínas Ressonância magnética nuclear Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Cristalografia | desenho racional de drogas | Proteinas | Ressonância Magnética Nuclear | bioinformática estrutural

Resumo

Esse projeto tem como objetivo desenvolver um sistema híbrido de bioinformática para a determinação simultânea da estrutura terciária e da dinâmica de proteínas de interesse para o desenho racional de drogas. A intenção é desenvolver novas metodologias que tratem o problema de solucionar a estrutura de proteínas, onde métodos tradicionais de Cristalografia de Raios-X e Ressonância Magnética Nuclear (RMN) falham em produzir um modelo confiável. A ideia é de gerar um conjunto de estruturas proteicas que refletem os dados experimentais, através do uso de dois procedimentos distintos:*Modelagem Comparativa de Proteínas desenvolvida durante meu doutorado no grupo do professor Sir Tom Blundell no Departamento de Bioquímica da Universidade de Cambridge no Reino Unido.*Dinâmica Molecular Auxiliada por RMN criado durante meu pós-doutorado no grupo dos professores Michele Venduscolo e Chris Dobson no Departamento de Química da Universidade de Cambridge. Eu pretendo combinar essas técnicas em uma ferramenta que possa ser usada por grupos experimentais e empresas farmacêuticas no Brasil e no exterior no desenvolvimento racional de drogas. Essa ferramenta é uma extensão natural do programa ORCHESTRAR de modelagem comparativa que desenvolvi durante o meu doutorado no grupo de Tom Blundell e hoje se encontra licenciada pelo CNPq e pela Universidade de Cambridge à empresa americana Tripos (www.tripos.com), sendo esse o programa de "Advanced Protein Modelling" do sistema SYBYL. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SARAIVA MACEDO TIMMERS, LUIS FERNANDO; NETO, ANTONIO M. S.; MONTALVAO, RINALDO W.; BASSO, LUIZ A.; SANTOS, DIOGENES S.; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO. EPSP synthase flexibility is determinant to its function: computational molecular dynamics and metadynamics studies. Journal of Molecular Modeling, v. 23, n. 7, JUL 2017. (11/11343-0, 13/18398-0)