Análise transcriptômica por RNAseq dos genes alvos modulados por cScratch2 no desenvolvimento neural

• Processo: 12/14421-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Morfologia - Embriologia
• Pesquisador responsável: Chao Yun Irene Yan
• Beneficiário: Chao Yun Irene Yan
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São Paulo
• Assunto(s): Biologia do desenvolvimento Tubo neural Diferenciação neuronal Fatores de transcrição Dedos de zinco Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cascata Gênica | Deep sequencing | Fator de transcrição Zn-finger (dedo de zinco) | RNAseq | Tubo Neural Embrionário | Biologia do Desenvolvimento

Resumo

A diferenciação dos componentes neurais é um processo que envolve a deflagração de várias etapas concatenadas. Tanto o egresso do ciclo celular quanto a aquisição de características de diferenciação envolvem a ativação e repressão de perfis de expressão gênica por fatores de transcrição distintos. Recentemente, nosso laboratório clonou e caracterizou a expressão do fator de transcrição cScratch2 (cScrt2) durante o desenvolvimento inicial da medula espinhal no embrião de galinha. Esse fator pertence à superfamília Snail de fatores de transcrição do tipo zinc-finger, conhecidamente importantes em diversas etapas do desenvolvimento embrionário animal. cScrt2 é especificamente expresso em estágios iniciais do desenvolvimento no sistema nervoso central e periférico. No tubo neural truncal, essa expressão parece ser restrita a células que deixaram o ciclo celular mas ainda não se diferenciaram, sugerindo uma possível função desse fator na ativação do programa neural.Nesse projeto nos propomos determinar os genes-alvo de cScrt2 durante a diferenciação neural comparando o transcriptoma da medula espinhal em desenvolvimento e após perda de função de cScrt2. Para isto, coletaremos tubos neurais eletroporados com a forma dominante-negativa de cScrt2 (cScrt2DN) e sequenciaremos por RNAseq as amostras eletroporadas e controle. A validação será priorizada para sequências de fatores transcricionais. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

VIECELI, FELIPE M.; YAN, C. Y. IRENE. RNA-Seq Analysis of Differential Gene Expression in Electroporated Chick Embryonic Spinal Cord. JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS, n. 93, NOV 2014. (09/53695-0, 12/14421-5)

VIECELI, FELIPE M.; YAN, C. Y. IRENE. RNA-Seq Analysis of Differential Gene Expression in Electroporated Chick Embryonic Spinal Cord. JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS, v. N/A, n. 93, p. 6-pg., 2014-11-01. (09/53695-0, 12/14421-5)