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Análise transcriptômica por RNAseq dos genes alvos modulados por cScratch2 no desenvolvimento neural

Processo: 12/14421-5
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de novembro de 2012 - 31 de outubro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Morfologia - Embriologia
Pesquisador responsável:Chao Yun Irene Yan
Beneficiário:Chao Yun Irene Yan
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia do desenvolvimento  Tubo neural  Diferenciação neuronal  Fatores de transcrição  Dedos de zinco  Análise de sequência de RNA 

Resumo

A diferenciação dos componentes neurais é um processo que envolve a deflagração de várias etapas concatenadas. Tanto o egresso do ciclo celular quanto a aquisição de características de diferenciação envolvem a ativação e repressão de perfis de expressão gênica por fatores de transcrição distintos. Recentemente, nosso laboratório clonou e caracterizou a expressão do fator de transcrição cScratch2 (cScrt2) durante o desenvolvimento inicial da medula espinhal no embrião de galinha. Esse fator pertence à superfamília Snail de fatores de transcrição do tipo zinc-finger, conhecidamente importantes em diversas etapas do desenvolvimento embrionário animal. cScrt2 é especificamente expresso em estágios iniciais do desenvolvimento no sistema nervoso central e periférico. No tubo neural truncal, essa expressão parece ser restrita a células que deixaram o ciclo celular mas ainda não se diferenciaram, sugerindo uma possível função desse fator na ativação do programa neural.Nesse projeto nos propomos determinar os genes-alvo de cScrt2 durante a diferenciação neural comparando o transcriptoma da medula espinhal em desenvolvimento e após perda de função de cScrt2. Para isto, coletaremos tubos neurais eletroporados com a forma dominante-negativa de cScrt2 (cScrt2DN) e sequenciaremos por RNAseq as amostras eletroporadas e controle. A validação será priorizada para sequências de fatores transcricionais. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
VIECELI, FELIPE M.; YAN, C. Y. IRENE. RNA-Seq Analysis of Differential Gene Expression in Electroporated Chick Embryonic Spinal Cord. JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS, n. 93 NOV 2014. Citações Web of Science: 0.

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