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Algoritmos para rearranjos de genomas

Processo: 14/19401-8
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de maio de 2015 - 30 de abril de 2017
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Pesquisador responsável:Zanoni Dias
Beneficiário:Zanoni Dias
Instituição-sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Pesq. associados:Ulisses Martins Dias
Assunto(s):Biologia computacional  Genomas  Algoritmos de aproximação   Ordenação 

Resumo

Rearranjo de Genomas é uma área de pesquisa motivada, na biologia, pela comparação de genomas. Em particular, objetiva-se estimar a similaridade entre dois genomas e, por conseguinte, entre duas espécies. Esse estudo é importante, por exemplo, para construção de árvores filogenéticas, anotação de genomas ou correção de anotações já existentes. Os fenômenos responsáveis pelas diferenciações entre os seres-vivos são as mutações ocorridas no material genético. Os eventos de mutação mais comuns afetam pontualmente o genoma, inserindo, removendo ou substituindo nucleotídeos. Entretanto, eventos de mutações globais, os chamados rearranjos de genomas, afetam grandes trechos do genoma e são um desafio para a teoria da computação, pois, na maioria dos casos, computar uma distância entre genomas na presença de operações globais resulta em problemas NP-Completos. O termo "Rearranjo de Genomas" engloba todos os problemas enunciados da seguinte forma: dados dois genomas G1 e G2, e uma classe de rearranjos, qual é o número mínimo desses rearranjos que são necessários para transformar G1 em G2? Questões desse tipo foram introduzidas em meados da década de 1990 e tem sido estudadas em suas muitas variantes desde então. Nosso objetivo neste projeto é estudar várias versões do Problema de Rearranjo de Genomas, envolvendo eventos de reversão e transposição. (AU)

Publicações científicas (9)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
LINTZMAYER, CARLA NEGRI; FERTIN, GUILLAUME; DIAS, ZANONI. Sorting permutations and binary strings by length-weighted rearrangements. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, v. 715, p. 35-59, MAR 8 2018. Citações Web of Science: 0.
ARRUDA, THIAGO DA SILVA; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. A GRASP-Based Heuristic for the Sorting by Length-Weighted Inversions Problem. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 15, n. 2, p. 352-363, MAR-APR 2018. Citações Web of Science: 0.
LINTZMAYER, CARLA NEGRI; FERTIN, GUILLAUME; DIAS, ZANONI. Sorting permutations by prefix and suffix rearrangements. JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 15, n. 1 FEB 2017. Citações Web of Science: 3.
OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. On the Sorting by Reversals and Transpositions Problem. JOURNAL OF UNIVERSAL COMPUTER SCIENCE, v. 23, n. 9, p. 868-906, 2017. Citações Web of Science: 1.
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LINTZMAYER, CARLA NEGRI; FERTIN, GUILLAUME; DIAS, ZANONI. Approximation algorithms for sorting by length-weighted prefix and suffix operations. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, v. 593, p. 26-41, AUG 16 2015. Citações Web of Science: 2.

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