Análise sistemática in silico do comportamento crítico do peptídeo amiloide beta e de alguns dos seus mutantes

• Processo: 16/04176-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física - Física da Matéria Condensada
• Pesquisador responsável: Nelson Augusto Alves
• Beneficiário: Nelson Augusto Alves
• Instituição Sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Biofísica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: amiloide beta | Dinâmica Molecular | estados intermediarios | Gromacs | variantes Abeta | Biofisica molecular

Resumo

Simulações de dinâmica molecular serão efetuadas para descrever estados intermediários dos peptídeos amiloide $\beta$ com 40 resíduos (A$\beta_{40}$), 42 resíduos (A$\beta_{42}$), e de um conjunto de peptídeos mutantes obtidos trocando-se pontualmente aminoácidos nas sequencias A$\beta$. Os peptídeos A$\beta$ e seus variantes mutantes desempenham um papel central na doença de Alzheimer e apresentam diferentes níveis de toxicidade e propensidade à conversão das formas solúveis em formas de agregados fibrilares insolúveis. Um ensemble de estruturas será obtido com simulações de dinâmica molecular com o programa computacional GROMACS para descrever as cadeias peptídicas incluindo todos os átomos. Objetivamos a determinação das propriedades críticas e características conformacionais destes peptídeos para descrever os efeitos das mutações sobre as suas propensidades. (AU)

Publicações científicas

(5)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ALVES, NELSON A.; FRIGORI, RAFAEL B.. Structural Interconversion in Alzheimer's Amyloid-beta(16-35) Peptide in an Aqueous Solution. Journal of Physical Chemistry B, v. 122, n. 6, p. 1869-1875, FEB 15 2018. (16/04176-4)

ALVES, NELSON A.; FRIGORI, RAFAEL B.. In Silico Comparative Study of Human and Porcine Amylin. Journal of Physical Chemistry B, v. 122, n. 47, p. 10714-10721, NOV 29 2018. (16/04176-4)

TEIXEIRA, ANDRE L.; ALVES, NELSON A.. The high stability of the three-helix bundle UBA domain of p62 protein as revealed by molecular dynamics simulations. Journal of Molecular Modeling, v. 27, n. 4, APR 2021. (16/04176-4)

FRIGORI, RAFAEL B.; BARROSO DA SILVA, FERNANDO L.; CARVALHO, PATRICIA P. D.; ALVES, NELSON A.. Occurrence of Biased Conformations as Precursors of Assembly States in Fibril Elongation of Amyloid-beta Fibril Variants: An In Silico Study. Journal of Physical Chemistry B, v. 124, n. 14, p. 2798-2805, APR 9 2020. (15/16116-3, 16/04176-4)

ALVES, NELSON A.; DIAS, LUIS G.; FRIGORI, RAFAEL B.. Synergistic long-range effects of mutations underlie aggregation propensities of amylin analogues. Journal of Molecular Modeling, v. 25, n. 9, SEP 2019. (13/08166-5, 17/03204-7, 16/04176-4)