Caracterização da diversidade de famílias de elementos transponíveis expressos em cana-de-açúcar (Saccharum spp.)

• Processo: 03/13525-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2004
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2007
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Érika Maria de Jesus
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Análise de sequência de DNA Elementos de DNA transponíveis Expressão gênica Cana-de-açúcar
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Distribuicao Genomica | Elementos Transponiveis | Expressao Genica | Genoma Cana De Acucar | Sucest | Superfamilia Hat

Resumo

O presente projeto pretende dar continuidade à análise funcional das sequências geradas pelo SUCEST. No projeto para o mestrado, foram propostos como objetivos a realização do sequenciamento total dos clones homólogos a elementos transponíveis e o refinamento das análises com as sequências completas. O alinhamento das sequências demonstrou o padrão de agrupamento dos elementos transponíveis expressos em cana-de-açúcar, e estimou o número de famílias destes elementos presentes no genoma. Após o cumprimento destes objetivos, clones homólogos à superfamília de transposons hAT apresentaram um padrão de agrupamento interessante, dividindo-se em duas classes distintas. Uma hibridação com sondas representantes das duas classes demonstrou uma distinção entre as duas classes, tanto no número relativo de cópias como no padrão de distribuição no genoma da cana. A partir destes resultados foram delineados novos objetivos para a transformação do projeto de mestrado para doutorado direto: clonagem e sequenciamento da TIRs (terminações inversas repetidas) e do sítio duplicado na inserção para as duas classes, informações imprescindíveis para se esclarecer se as classes I e II tratam-se de famílias diferentes e se a classe I pode tratar-se de uma nova família de elementos descrita em cana, pertencente à superfamília hAT, e o estudo da expressão diferenciada das duas classes, confirmando o primeiro elemento ativo descrito em cana. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

JESUS, Érika Maria de. Estudo de dois grupos de elementos de cana-de-açúcar homológos à superfamília hAT de transposons. 2007. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Biociências (IBIOC/SB) São Paulo.