Caracterização in silico e análise de expressão de transcritos intrônicos em humanos e camundongos

• Processo: 07/59542-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2008
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2012
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Sergio Verjovski Almeida
• Beneficiário: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Banco de dados RNA longo não codificante
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Analise De Microarray | Banco De Dados | Bioinformatica | Rnas Nao Codificadores | Virtual Gene

Resumo

Diversos estudos têm revelado que uma porção significativa das mensagens transcritas nos organismos superiores é composta por RNAs não codificadores de proteínas (ncRNA). Nosso grupo vem caracterizando duas novas classes de longos RNAs não codificadores (RNAs TIN, RNAs totalmente intrônicos não codificadores e RNAs PIN, parcialmente intrônicos não codificadores) que têm demonstrado apresentar papéis regulatórios importantes no genoma humano. Embora alguns estudos já tenham sido realizados a fim de elucidar suas funções, ainda há uma enorme escassez de informações ligadas a biologia destes transcritos, sendo necessária uma análise mais extensa e detalhada acerca de como eles são regulados e quais os seus reais papéis na regulação transcricional de regiões gênicas codificadoras ou não codificadoras de proteínas. Desta forma, o presente projeto tem como objetivo realizar uma extensa caracterização in silico destes transcritos em humanos e camundongos, além de um estudo de expressão de todos os humanos a partir de uma plataforma de microarray intrônica-exônica de 244 mil elementos hibridizada com oito tecidos distintos. Em nossas análises, pretendemos mapear todos os RNAs PIN e TIN existentes no genoma dos dois organismos, além de estudara maneira que eles possam atuar na modulação dos mais diversos processos celulares. Tentaremos também inferir de que forma eles estão sendo regulados e de que modo eles estão atuando de forma tecido-específica. Ao longo do projeto, pretendemos construir um banco de dados público contendo informações pertinentes aos RNAs mapeados e caracterizados no decorrer de sua realização. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

COUTINHO, Vinicius Ramos Henriques Maracajá. Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. 2013. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.