Desenvolvimento de pipelines para analise de est, bibliotecas 16s e its para estudos genomicos em formigas attini

• Processo: 09/52289-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2010
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Mauricio Bacci Junior
• Beneficiário: Milene Ferro
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Rio Claro. Rio Claro , SP, Brasil
• Assunto(s): Pseudogenes Biologia computacional Etiquetas de sequências expressas Formigas cortadeiras
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bibliotecas 16S | Bioinformatica | Ests | Formigas Cortadeiras | Pipeline | Pseudogenes

Resumo

As formigas Attini são destacadas pragas agrícolas e invertebrados modelos em estudos em genômica, metagenômica, sistemática e evolução molecular. Tais estudos resultam milhares de seqüências nucleotídicas, cuja anotação demanda processamento automático através de pipelines. O presente Projeto de Doutorado propõe desenvolver pipelines inéditos para a análise automática de seqüências de EST, pseudogenes e bibliotecas de 16S obtidas de Attini para anotar o transcriptoma e caracterizar pseudogenes nucleares de origem mitocondrial da formiga Atta laevigata, bem como identificar as espécies bacterianas associadas a esta e outras espécies de Attini. As ferramentas computacionais desenvolvidas e validadas com as seqüências de Attini serão aplicáveis a outros organismos. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

FERRO, Milene. Desenvolvimento de Pipelines para análise de EST, bibliotecas ITS e 16S para estudos genômicos em formigas Attini. 2013. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Rio Claro Rio Claro.