Desenvolvimento de Pipelines para análise de EST, bibliotecas ITS e 16S para estudos genômicos em formigas Attini

Autor(es)

Milene Ferro

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Rio Claro. 2014-06-11.
• Instituição: Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Rio Claro
• Data de defesa: 2013-04-27
• Orientador: Maurício Bacci Júnior

Resumo

As formigas Attini são destacadas pragas agrícolas e invertebrados modelos em estudos em genômica, metagenômica, sistemática e evolução molecular. Tais estudos têm gerado milhares de sequências nucleotídicas, cuja análise demanda o uso de diferentes programas de Bioinformática em processamentos automatizados. Pensando nisso, foram desenvolvidos protocolos para análises de ESTs e de bibliotecas de sequências ITS e 16S obtidas de formigas Attini. Foi desenvolvida uma arquitetura baseada no padrão MVC e J2EE responsável por todos os processos cliente-servidor. Os protocolos foram implementados na forma de pipelines em que cada componente é um serviço web em REST acoplado a arquitetura desenvolvida. bESTscan realiza a anotação de sequências EST transcriptômicas, 16Scan e ITScan realizam análises de ecologia microbiana, para bactérias (sequências 16S) e para fungos (sequências ITS) respectivamente, bem como identifica as sequências através de pesquisas em bancos de dados públicos. O sistema computacional desenvolvido automatiza a anotação de sequências para um pequeno volume de sequências como as obtidas por Sanger ou para grande volume de dados como as geradas por Sequenciadores de Nova Geração, reduzindo o tempo de processamento e facilitando a análise dos resultados. Todos os pipelines desenvolvidos foram validados com sequências de Attini, obtidas por Sanger e Illumina, geradas a partir de diferentes projetos do nosso laboratório e estão disponíveis na web nos endereços http://evol.rc.unesp.br/lem/?q=bioinformatics (AU)

• Processo FAPESP: 09/52289-9 - Desenvolvimento de pipelines para analise de est, bibliotecas 16s e its para estudos genomicos em formigas attini
• Beneficiário: Milene Ferro
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado