Análise da expressão gênica da fitobactéria Xylella fastidiosa in planta

• Processo: 09/12226-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Luiz Roberto Nunes
• Beneficiário: Fabio Fernandes Carvalho Silva
• Instituição Sede: Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós-Graduação e Extensão e Assuntos Comunitários. Universidade de Mogi das Cruzes (UMC). Mogi das Cruzes , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/50115-3 - Analise da expressao genica da fitobacteria xylella fastidiosa in planta, AP.R
• Assunto(s): Xylella fastidiosa Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: amplificação de RNA | microarray | Xylella fastidiosa | genética molecular e de microrganismos

Resumo

O seqüenciamento genômico da bactéria Xylella fastidiosa 9a5c (Xf 9a5c), responsável pelo desenvolvimento da Clorose Variegada dos Citros (CVC), abriu caminho para estudos de análise funcional de genomas bacterianos por laboratórios brasileiros. Alguns destes trabalhos foram desenvolvidos com um biochip desenvolvido pioneiramente em nosso laboratório, e estão associados a estudos de análise de expressão gênica utilizando bactérias cultivadas sob diversas situações experimentais, permitindo a identificação de diversos fatores potencialmente associados ao desenvolvimento da CVC. No entanto, os estudos realizados até o momento foram conduzidos com bactérias crescidas em laboratório e, embora as condições de cultivo busquem simular aquelas encontradas no interior da planta, não há como garantir que o comportamento da bactéria cultivada seja o mesmo durante a infecção in planta. Já que hibridações em array demandam uma quantidade muito grande de RNA, é inviável adotar esta abordagem para estudos in planta, uma vez que não é possível isolar do xilema a massa de bactérias necessária para extrair esta quantidade de RNA. No entanto, este quadro tende a mudar com a recente adaptação de protocolos de amplificação de RNA para o estudo de expressão gênica em bactérias. Dessa maneira, o projeto aqui proposto visa ao estudo da expressão gênica em Xf 9a5c, sob condições de cultivo in planta, através da técnica de hibridação em microarrays. Nossos estudos envolverão a padronização de um protocolo de amplificação do RNA bacteriano, bem como alguns outros procedimentos associados ao aumento da eficiência do processo e de seu controle de qualidade. Estudos posteriores procurarão identificar os grupos gênicos especificamente ativados em diferentes momentos do processo de desenvolvimento da CVC, tanto em plantas experimentalmente infectadas, como em situações de campo.