GaTE lab: bioinformatic development in the sugarcane BAC sequencing project

• Processo: 09/13887-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2009
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Eduardo Fernandes Abrantes
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Elementos de DNA transponíveis Genomas Cana-de-açúcar Banco de dados
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: anotação | BioEn | Cana de Açúcar | elementos de transposição | Genoma | sequenciamento de BACs | Bioinformática

Resumo

O projeto está inserido no projeto 2008/52074-0 "Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function." no GaTE Lab-Botanica-IBUSP. Trata especificamente da construção de um banco de dados que será explorado pelos usuários do grupo BIOEN e usuários locais do GaTE lab. Em um primeiro momento será elaborado o banco de apoio para acompanhamento do sequenciamento dos BACs e posterior anotação. Desenvolvimento técnico de uma base de dados que agrupe as informações geradas no grupo, associe a bancos de dados já existentes e por último avalie a eficiência da integração dos dados e o incremento de informação a partir da análise integrada. Posteriormente pretende-se que haja a disponibilização por uma interface gráfica em formato web para colaboradores estrangeiros. (AU)