Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha domestica

• Processo: 09/12643-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de março de 2010
• Vigência (Término): 30 de setembro de 2011
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Arthur Gruber
• Beneficiário: Luiz Thibério Lira Diniz Rangel
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Anotação de sequências | bioinformática | Pipeline | Processamento de sequências | Sequenciamento de ESTs | Sequenciamento de genomas | Bioinformática

Resumo

A plataforma EGene (Durham et al., Bioinformatics 21(12): 2812-2813, 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. A versão 2 do sistema EGene, ainda não disponibilizada publicamente, possui uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, há um componente que agrega todas as evidências de anotação numa página web para cada uma das sequências anotadas de forma automática. No presente projeto pretende-se dar prosseguimento ao desenvolvimento da plataforma, incrementando o escopo de aplicações e a funcionalidade do EGene para permitir a integração com bancos de dados e anotação funcional. Assim, objetiva-se: desenvolver componentes para a identificação de ortologia em diferentes bases (COG/KOG e eggNOG) e o mapeamento das proteínas em vias metabólicas do KEGG; a integração de dados de anotação com dados de expressão; desenvolver um componente para integração dos dados de anotação do EGene com o visualizador Genome Browser; implementar a integração do EGene com um sistema de gerenciamento de banco de dados relacional; e desenvolver a infra-estrutura computacional no contexto do EGene para permitir anotações probabilísticas e com vocabulário controlado. Pretende-se ainda aplicar essas novas ferramentas para se obter uma melhor anotação funcional dos dados de sequenciamento de ORESTES de três espécies de Eimeria de galinha doméstica; e construir um banco de dados relacional que permita o uso de buscas complexas e a mineração do dados.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

NOVAES, JENIFFER; RANGEL, LUIZ THIBERIO L. D.; FERRO, MILENE; ABE, RICARDO Y.; MANHA, ALESSANDRA P. S.; DE MELLO, JOANA C. M.; VARUZZA, LEONARDO; DURHAM, ALAN M.; MADEIRA, ALDA MARIA B. N.; GRUBER, ARTHUR. A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology, v. 42, n. 1, p. 39-48, JAN 2012. (03/14031-3, 09/12643-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

RANGEL, Luiz Thibério Lira Diniz. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica.. 2012. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI) São Paulo.