Desenvolvimento de metodologia para docking flexível com alterações especificas na estrutura primária. E suas aplicações para estudar interação Proteína-Proteína , Proteína-Ligante e resistência de patógenos a drogas

• Processo: 10/15871-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Vigência (Início): 01 de outubro de 2010
• Vigência (Término): 31 de janeiro de 2011
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Ana Ligia Scott
• Beneficiário: Angelica Nakagawa Lima
• Instituição Sede: Centro de Matemática, Computação e Cognição (CMCC). Universidade Federal do ABC (UFABC). Ministério da Educação (Brasil). Santo André , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 10/09306-7 - Desenvolvimento de metodologia para simular docking flexível com alterações específicas na estrutura primária e as aplicações dessa metodologia para estudar interação proteína-proteína, proteína-ligante e resistência de patógenos a drogas, AP.R
• Assunto(s): Modelagem molecular Interação proteína-proteína Simulação de acoplamento molecular Proteínas Algoritmos genéticos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algoritmos Geneticos | Docking | Interação proteína-proteína | modos normais | Proteinas | Modelagem Molecular

Resumo

Comparado com o problema de enovelamento, o docking molecular é mais fácil de controlar, porém possui vários aspectos ainda não resolvidos (Chen et al., 2006). Uma das maiores dificuldades é considerar as mudanças conformacionais ocorridas na proteína devido ao ligante. Recentes trabalhos do grupo do Professor Perahia mostrou que mudanças globais da proteína podem influenciar a abertura dos sítios de ligação (Floquet et al., 2006). Essa bola TT3/40 estará vinculada o auxílio regular solicitado que possui como principais objetivos: i) aprimorar a metodologia, denominada GANM e desenvolvida no auxílio regular à pesquisa (Proc. 2007/05696-2) finalizado em Abril de 2010; ii) desenvolver uma metodologia que combine Algoritmos Genéticos e Dinâmica Molecular com Modos Normais (NM) para estudar o docking proteína-proteína, iii) desenvolver uma metodologia para estudar o efeito da seleção positiva (através de mutações dos resíduos) durante o docking proteína-ligante e proteína-proteína e iv) adaptar a metodologia GANM para permitir que possa ser usada para realizar "virtual screening". Dentro desse contexto, os principais objetivos do plano de trabalho para a bolsa TT3 são: 1- Desenvolver uma interface Web para a GANM e disponibiliza-lá para teste e uso pela comunidade científica.2- Otimizar os algoritmos implementados pela nossa metodologia GANM, para tornar o software mais rápido e eficiente em termos computacionais. 3- Aprimorar o campo de força da metodologia e o cálculo da energia de solvatação.