Algoritmos de estimação de distribuição para predição ab initio de estruturas de proteínas

• Processo: 10/02928-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2011
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Sistemas de Computação
• Pesquisador responsável: Alexandre Cláudio Botazzo Delbem
• Beneficiário: Daniel Rodrigo Ferraz Bonetti
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação (ICMC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 13/00919-4 - Algoritmos de estimação de distribuição para predição ab initio de estruturas de proteínas, BE.EP.DR
• Assunto(s): Algoritmos evolutivos Elementos estruturais de proteínas Métodos ab initio
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algoritmos de Estimação de Distribuição | Conhecimento a priori | Modelagem Ab initio | Predição de estruturas de proteínas | Algoritmos Evolutivos

Resumo

As proteínas estão presentes nos seres vivos e desempenham funções essenciais para o processo da vida. A função que cada proteína desempenha no organismo depende da estrutura tridimensional que a mesma assume. Conhecendo a estrutura de uma proteína causadora de uma doença é possível desenvolver fármacos que possam inibir a proteína causadora da doença. Porém, encontrar a estrutura tridimensional da proteína é conhecido hoje como um dos maiores problemas da Biologia Molecular Celular. Métodos experimentais como, por exemplo, a Cristalografia de Raio-X e Ressonância Magnética Nuclear têm sido fundamentais para a descoberta de novas estruturas de proteínas. No entanto, esses são métodos caros e demorados. Isso tem incentivado pesquisadores a utilizar métodos computacionais para predição de estruturas de proteínas. Em geral, os métodos computacionais apresentam problemas de eficiência e qualidade quando aplicados à proteínas não pequenas. Além disso, a maioria dos métodos computacionais utilizam conhecimento a priori para predizer novas estruturas, podendo levar à predições tendenciosas. Assim, este projeto propõe o desenvolvimento de um Algoritmo de Estimação de Distribuição (AED) para predição de estruturas de proteínas utilizando modelagem ab initio. O AED deverá ser elaborado de tal maneira que seja capaz de encontrar relacionamento entre as variáveis do problema. Dessa forma, o AED poderá encontrar estruturas de proteínas de forma eficiente e livre de tendência. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

BONETTI, Daniel Rodrigo Ferraz. Algoritmos de estimação de distribuição para predição ab initio de estruturas de proteínas. 2015. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação (ICMC/SB) São Carlos.