Usando dados esparsos de Ressonância Magnética Nuclear e Modelagem Comparativa para determinar estrutura e dinâmica de proteínas com aplicação em desenho racional de drogas

• Processo: 12/00137-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Rinaldo Wander Montalvão
• Beneficiário: Rinaldo Wander Montalvão
• Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 11/11343-0 - Usando dados esparsos de ressonância magnética nuclear e modelagem comparativa para determinar estrutura e dinâmica de proteínas com aplicação em desenho racional de drogas, AP.JP
• Assunto(s): Ressonância magnética nuclear Biologia computacional Proteínas Cristalografia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Cristalografia | desenho racional de drogas | Proteinas | Ressonância Magnética Nuclear | bioinformática estrutural

Resumo

Esse projeto tem como objetivo desenvolver um sistema híbrido de bioinformática para a determinação simultânea da estrutura terciária e da dinâmica de proteínas de interesse para o desenho racional de drogas. A intenção é desenvolver novas metodologias que tratem o problema de solucionar a estrutura de proteínas, onde métodos tradicionais de Cristalografia de Raios-X e Ressonância Magnética Nuclear (RMN) falham em produzir um modelo confiável. A ideia é de gerar um conjunto de estruturas proteicas que refletem os dados experimentais, através do uso de dois procedimentos distintos: *Modelagem Comparativa de Proteínas desenvolvida durante meu doutorado no grupo do professor Sir Tom Blundell no Departamento de Bioquímica da Universidade de Cambridge no Reino Unido. *Dinâmica Molecular Auxiliada por RMN criado durante meu pós-doutorado no grupo dos professores Michele Venduscolo e Chris Dobson no Departamento de Química da Universidade de Cambridge. Eu pretendo combinar essas técnicas em uma ferramenta que possa ser usada por grupos experimentais e empresas farmacêuticas no Brasil e no exterior no desenvolvimento racional de drogas. Essa ferramenta é uma extensão natural do programa ORCHESTRAR de modelagem comparativa que desenvolvi durante o meu doutorado no grupo de Tom Blundell e hoje se encontra licenciada pelo CNPq e pela Universidade de Cambridge à empresa americana Tripos (www.tripos.com), sendo esse o programa de "Advanced Protein Modelling" do sistema SYBYL.