Biologia de sistemas aplicada à agricultura: análise de transcriptomas e interactomas

• Processo: 12/02906-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2012
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Marcelo Mendes Brandao
• Beneficiário: Horacio Montenegro
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 11/00417-3 - Biologia de sistemas aplicada a agricultura: análise de transcriptomas e interactomas, AP.JP
• Assunto(s): Sequenciamento de nova geração Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Biologia Computacional | insetos praga | sequenciamento de nova geração | Bioinformática

Resumo

Ligado ao projeto de Jovem Pesquisador Biologia de sistemas aplicada à agricultura: análise de transcriptomas e interactomas, sob a responsabilidade do Dr. Marcelo Mendes Brandão.O candidato a bolsa de treinamento técnico nível 4 ou 5 deverá mostrar capacidade de auxiliar na montagem e configuração um sistema de cluster de computadores do tipo Beowulf. Este, também ficará responsável pela manutenção tanto do software como do hardware do sistema implantado no laboratório.OBJETIVOS*Auxiliar na montagem e configuração dos sistemas computacionais propostos no projeto.*Auxiliar na execução das análises matemáticas e computacionais contidas nos projetos do laboratório e em colaboração, prestando auxílio computacional na área de programação e bioinformática.*Programação do sistema de atualização do AtPINDB.*Adequação dos processos de análises computacionais a serem realizadas no clsuter computacionalPLANO DE TRABALHONuma primeira fase, o recipiente da bolsa irá ajudar o pesquisador principal do projeto proposto a montar fisicamente e testar todos os componentes necessários para a implantação de um sistema de computação em cluster, incluindo hardware de cálculo e servidores centrais, sistema de estocagem de dados e cabeamento de alto desempenho. Após esta fase inicial, o bolsista operará na manutenção da disponibilidade do sistema computacional, efetuando todas as manutenções e atualizações necessárias para que o cluster instalado não tenha períodos de falta de serviço geral ou de algum aplicativo específico. Este profissional auxiliará os usuários do grupo de Bioinformática na adequação e configuração de suas análises a fim de utilizar o sistema de cluster ou estações de trabalho.JUSTIFICATIVAA manutenção de um laboratório de Bioinformática requer mão de obra especializada na área de computação científica. A presença deste profissional na execução do referido projeto será de enorme valia, uma vez que tira dos pesquisadores a obrigatoriedade de parar suas atividades de pesquisa e desenvolvimento para solução de problemas e inadequações do sistema computacional.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ANDRADE, SONIA C. S.; MONTENEGRO, HORACIO; STRAND, MALIN; SCHWARTZ, MEGAN L.; KAJIHARA, HIROSHI; NORENBURG, JON L.; TURBEVILLE, JAMES M.; SUNDBERG, PER; GIRIBET, GONZALO. A Transcriptomic Approach to Ribbon Worm Systematics (Nemertea): Resolving the Pilidiophora Problem. Molecular Biology and Evolution, v. 31, n. 12, p. 3206-3215, DEC 2014. (12/02906-4)

MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; GHEYAS, A.; GASPARIN, G.; ANDRADE, S. C. S.; PADUAN, M.; MONTENEGRO, H.; BURT, D. W.; LEDUR, M. C.; et al. Variant discovery in a QTL region on chromosome 3 associated with fatness in chickens. ANIMAL GENETICS, v. 46, n. 2, p. 141-147, APR 2015. (12/14965-5, 12/21784-7, 12/15294-7, 12/02906-4)

GODOY, T. F.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; GHEYAS, A. A.; GASPARIN, G.; PADUAN, M.; ANDRADE, S. C. S.; MONTENEGRO, H.; BURT, D. W.; LEDUR, M. C.; et al. SNP and INDEL detection in a QTL region on chicken chromosome 2 associated with muscle deposition. ANIMAL GENETICS, v. 46, n. 2, p. 158-163, APR 2015. (12/21784-7, 12/15294-7, 12/02906-4)