Anotação de 1000 clones BAC do genoma da cana de açúcar: banco de dados, integração e interface web

• Processo: 12/14607-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2013
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Alessandro de Mello Varani
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Genomas Leifsonia xyli Elementos de DNA transponíveis Banco de dados Anotação de sequência molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: anotação | Banco de dados | elementos de transposição | Genoma | Predição computacional | Bioinformática

Resumo

Bancos de dados genômicos para espécies com projetos de seqüenciamento em andamento são vitais para a integração dos dados e interface com o usuário final. No presente projeto, um banco de dados local será construído no qual serão integrados os diferentes elementos de transposição (TE) caracterizados pelo grupo GaTE, as sequências genômicas dos BACs cana de açúcar e seqüências de expressão oriundas de RNA-seq por plataforma SOLID e ILLUMINA. O principal objetivo será integrar seqüências geradas tanto localmente como aquelas provenientes de bancos públicos, em particular os bancos da TIGR, PlantSat, Phytozome, Repbase, SOL Genomics Network. Serão integrados também neste banco dados metabólicos e de expressão gerados experimentalmente. A implementação desse banco de dados local será vital para análise dos genomas em foco nos projetos em andamento no laboratório. (AU)